R Language
Instalowanie pakietów

Składnia

• install.packages (pkgs, lib, repos, metoda, destdir, zależności, ...)

Parametry

Uwagi

Pobierz i zainstaluj pakiety z repozytoriów

Pakiety to zbiory funkcji R, danych i skompilowanego kodu w dobrze zdefiniowanym formacie . Publiczne (i prywatne) repozytoria służą do hostowania kolekcji pakietów R. Największa kolekcja pakietów R jest dostępna w CRAN.

Korzystanie z CRAN

Pakiet można zainstalować z CRAN przy użyciu następującego kodu:

install.packages("dplyr")

Gdzie "dplyr" jest nazywany wektorem znaków.

Za jednym razem można zainstalować więcej niż jeden pakiet, używając funkcji łączenia c() i przekazując ciąg znaków wektora nazw pakietów:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

W niektórych przypadkach install.packages może monitować o kopię lustrzaną CRAN lub nie powieść się, w zależności od wartości getOption("repos") . Aby temu zapobiec, określ kopię lustrzaną CRAN jako argument repos :

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

Za pomocą argumentu repos można również zainstalować z innych repozytoriów. Aby uzyskać pełne informacje o wszystkich dostępnych opcjach, uruchom ?install.packages .

Większość pakietów wymaga funkcji, które zostały zaimplementowane w innych pakietach (np. Pakiet data.table ). Aby zainstalować pakiet (lub wiele pakietów) ze wszystkimi pakietami używanymi przez dany pakiet, dependencies argumentów powinny być ustawione na TRUE ):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Korzystanie z Bioconductor

Bioconductor zawiera znaczną kolekcję pakietów związanych z bioinformatyką. Zapewniają własne zarządzanie pakietami skoncentrowane wokół funkcji biocLite :

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

Domyślnie instaluje podzbiór pakietów, które zapewniają najczęściej używane funkcje. Określone pakiety można zainstalować, przekazując wektor nazw pakietów. Na przykład, aby zainstalować RImmPort z Bioconductor:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

Zainstaluj pakiet ze źródła lokalnego

Aby zainstalować pakiet z lokalnego pliku źródłowego:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

Tutaj path_to_source jest bezwzględną ścieżką lokalnego pliku źródłowego.

Kolejnym poleceniem otwierającym okno do wyboru pobranych plików źródłowych zip lub tar.gz jest:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

Innym możliwym sposobem jest użycie RStudio opartego na GUI :

Krok 1: Przejdź do Narzędzia .

Krok 2: Przejdź do instalacji pakietów .

Krok 3: W Instaluj z ustaw go jako plik archiwum paczki (.zip; .tar.gz)

Krok 4: Następnie przejdź znaleźć plik pakietu (słownie crayon_1.3.1.zip) i po pewnym czasie (po to pokazuje ścieżkę i nazwę pliku pakietu w zakładce Archiwum Package)

Innym sposobem zainstalowania pakietu R z lokalnego źródła jest użycie funkcji install_local() z pakietu devtools.

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

Zainstaluj pakiety z GitHub

Aby zainstalować pakiety bezpośrednio z GitHub, użyj pakietu devtools :

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

Aby zainstalować ggplot2 z github:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

Powyższe polecenie zainstaluje wersję ggplot2 która odpowiada gałęzi master . Aby zainstalować z innej gałęzi repozytorium, użyj argumentu ref aby podać nazwę gałęzi. Na przykład, następujące polecenie zainstaluje dev_general oddział googleway opakowaniu.

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

Inną opcją jest użycie pakietu ghit . Zapewnia lekką alternatywę dla instalowania pakietów z github:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

Aby zainstalować pakiet, który znajduje się w prywatnym repozytorium w Github, wygeneruj osobisty token dostępu na stronie http://www.github.com/settings/tokens/ (dokumentacja na temat install_github znajduje się w tym samym dokumencie). Wykonaj następujące kroki:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   Powinieneś zobaczyć następujące elementy:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   Zapobiega to częstemu błędowi: „Nie można uwierzytelnić certyfikatu równorzędnego za pomocą podanych certyfikatów CA”

6. Na koniec użyj następującego polecenia, aby bezproblemowo zainstalować pakiet

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

Alternatywnie ustaw zmienną środowiskową GITHUB_PAT , używając

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

PAT wygenerowany w Github jest widoczny tylko raz, tzn. Gdy jest tworzony początkowo, więc .Rprofile jest zapisać ten token w .Rprofile . Jest to również pomocne, jeśli organizacja ma wiele prywatnych repozytoriów.

Korzystanie z menedżera pakietów CLI - podstawowe użycie Pacmana

pacman to prosty menedżer pakietów dla R.

pacman umożliwia użytkownikowi kompaktowe ładowanie wszystkich pożądanych pakietów, instalowanie wszystkich brakujących (i ich zależności), za pomocą jednego polecenia p_load . pacman nie wymaga od użytkownika wpisywania cudzysłowów wokół nazwy pakietu. Podstawowe użycie jest następujące:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Jedyny pakiet wymaga library , require , lub install.packages sprawozdanie z tego podejścia jest pacman sama:

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

lub równie ważne:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Oprócz oszczędności czasu, wymagając mniej kodu do zarządzania pakietami, pacman ułatwia również budowę odtwarzalnego kodu, instalując wszelkie potrzebne pakiety, jeśli tylko nie są jeszcze zainstalowane.

Ponieważ możesz nie mieć pewności, czy pacman jest zainstalowany w bibliotece użytkownika, który będzie używał twojego kodu (lub samodzielnie w przyszłych zastosowaniach własnego kodu), najlepszą praktyką jest dołączenie instrukcji warunkowej do zainstalowania pacman jeśli nie jest on jeszcze załadowany:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Zainstaluj lokalną wersję rozwojową pakietu

Podczas pracy nad rozwojem pakietu R często konieczne jest zainstalowanie najnowszej wersji pakietu. Można to osiągnąć najpierw budując dystrybucję źródłową pakietu (w wierszu poleceń)

R CMD build my_package

a następnie instalując go w R. Wszelkie uruchomione sesje R z załadowaną poprzednią wersją pakietu będą musiały go ponownie załadować.

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

Bardziej wygodne podejście wykorzystuje pakiet devtools w celu uproszczenia procesu. W sesji R z katalogiem roboczym ustawionym na katalog pakietu

devtools::install()

zbuduje, zainstaluje i ponownie załaduje pakiet.