R Language
Pakete installieren

Syntax

• install.packages (pkgs, lib, repos, method, destdir, abhängigkeiten, ...)

Parameter

Bemerkungen

Laden Sie Pakete aus Repositorys herunter und installieren Sie sie

Pakete sind Sammlungen von R-Funktionen, Daten und kompiliertem Code in einem genau definierten Format . Öffentliche (und private) Repositorys werden zum Hosten von Sammlungen von R-Paketen verwendet. Die größte Sammlung von R-Paketen ist bei CRAN erhältlich.

Verwendung von CRAN

Ein Paket kann mit folgendem Code von CRAN installiert werden:

install.packages("dplyr")

Dabei wird "dplyr" als Zeichenvektor bezeichnet.

Sie können mehrere Pakete auf einmal installieren, indem Sie die Kombinationsfunktion c() und eine Reihe von Zeichenvektoren mit Paketnamen übergeben:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

In einigen Fällen kann install.packages je nach Wert von getOption("repos") zur getOption("repos") eines CRAN-Spiegels getOption("repos") oder fehlschlagen. Um dies zu verhindern, geben Sie als repos Argument einen CRAN-Mirror an:

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

Mit dem Argument repos ist es auch möglich, andere Repositorys zu installieren. Um vollständige Informationen zu allen verfügbaren Optionen zu erhalten, führen Sie ?install.packages .

Die meisten Pakete erfordern Funktionen, die in anderen Paketen implementiert wurden (zB das Paket data.table ). Um ein Paket (oder mehr Pakete) mit allen Paketen zu installieren, die von diesem bestimmten Paket verwendet werden, die Argumente dependencies gesetzt werden sollten TRUE ):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Verwendung von Bioconductor

Bioconductor enthält eine umfangreiche Sammlung von Paketen im Zusammenhang mit Bioinformatik. Sie bieten ein eigenes Paketmanagement, das auf der biocLite Funktion biocLite :

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

Standardmäßig werden einige Pakete installiert, die die am häufigsten verwendeten Funktionen bereitstellen. Bestimmte Pakete können durch Übergabe eines Vektors von Paketnamen installiert werden. So installieren Sie beispielsweise RImmPort von Bioconductor:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

Paket aus lokaler Quelle installieren

So installieren Sie das Paket aus der lokalen Quelldatei:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

path_to_source ist hier der absolute Pfad der lokalen Quelldatei.

Ein weiterer Befehl, der ein Fenster zum Auswählen heruntergeladener ZIP- oder tar.gz-Quelldateien öffnet, ist:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

Eine andere Möglichkeit ist die Verwendung des GUI-basierten RStudio :

Schritt 1: Gehen Sie zu Tools .

Schritt 2: Installieren Sie Pakete .

Schritt 3: Legen Sie in der Installation als Paketarchivdatei fest (.zip; .tar.gz).

Schritt 4: Dann Durchsuchen Sie Ihre Paketdatei (zB crayon_1.3.1.zip) und nach einiger Zeit finden (nachdem es den Paketpfad zeigt und den Namen im Package Archive Registerkarte Datei)

Eine andere Möglichkeit, ein R-Paket aus lokaler Quelle zu installieren, ist die Verwendung der Funktion install_local() aus dem Paket devtools.

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

Installiere Pakete von GitHub

Um Pakete direkt über GitHub zu installieren, verwenden Sie das Paket devtools :

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

So installieren Sie ggplot2 von github:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

Der obige Befehl wird die Version von installieren ggplot2 , die mit dem Master - Zweig entspricht. Um von einem anderen Zweig eines Repositorys zu installieren, geben Sie den Namen des Zweigs mit dem Argument ref an. Mit dem folgenden Befehl wird beispielsweise der Zweig dev_general des googleway Pakets installiert.

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

Eine andere Option ist die Verwendung des ghit Pakets. Es bietet eine einfache Alternative für die Installation von Paketen von github:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

Um ein Paket zu installieren, das sich in einem privaten Repository auf Github befindet, generieren Sie ein persönliches Zugriffstoken unter http://www.github.com/settings/tokens/ . Folge diesen Schritten:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   Sie sollten Folgendes sehen:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   Dies verhindert den allgemeinen Fehler: "Peer-Zertifikat kann nicht mit angegebenen CA-Zertifikaten authentifiziert werden"

6. Verwenden Sie schließlich den folgenden Befehl, um Ihr Paket nahtlos zu installieren

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

Setzen Sie alternativ eine Umgebungsvariable GITHUB_PAT mit

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

Die in Github generierte PAT ist nur einmal sichtbar, dh, wenn sie ursprünglich erstellt wurde, ist es .Rprofile , das Token in .Rprofile zu speichern. Dies ist auch hilfreich, wenn die Organisation über viele private Repositorys verfügt.

Verwenden eines CLI-Paketmanagers - grundlegende Pacman-Verwendung

pacman ist ein einfacher Paketmanager für R.

pacman ermöglicht es einem Benutzer, alle gewünschten Pakete mit einem einzigen Befehl, p_load , kompakt zu laden und fehlende Pakete (und deren Abhängigkeiten) zu p_load . pacman fordert den Benutzer nicht auf, einen Paketnamen in Anführungszeichen zu setzen. Grundlegende Verwendung ist wie folgt:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Das einzige Paket eine erfordern library , require , oder install.packages Erklärung mit diesem Ansatz ist pacman selbst:

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

oder gleich gültig:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

pacman spart nicht nur Zeit, da weniger Code für die Verwaltung von Paketen erforderlich ist, sondern auch die Erstellung von reproduzierbarem Code, indem alle erforderlichen Pakete installiert werden, sofern diese noch nicht installiert sind.

Da Sie möglicherweise nicht sicher sind, ob pacman in der Bibliothek eines Benutzers installiert ist, der Ihren Code verwendet (oder für sich selbst bei zukünftiger Verwendung Ihres eigenen Codes), pacman es sich, eine bedingte Anweisung zur Installation von pacman falls dies nicht bereits der pacman ist geladen:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Installieren Sie die lokale Entwicklungsversion eines Pakets

Bei der Entwicklung eines R-Pakets muss häufig die neueste Version des Pakets installiert werden. Dies kann erreicht werden, indem zuerst eine Quellverteilung des Pakets erstellt wird (in der Befehlszeile).

R CMD build my_package

und dann in R installieren . Alle laufenden R-Sitzungen mit einer vorherigen Version des Pakets müssen neu geladen werden.

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

Ein praktischerer Ansatz verwendet das Paket devtools , um den Prozess zu vereinfachen. In einer R-Sitzung, wobei das Arbeitsverzeichnis auf das Paketverzeichnis gesetzt ist

devtools::install()

wird das Paket erstellen, installieren und neu laden.