R Language
Instalando paquetes

Sintaxis

• install.packages (pkgs, lib, repos, method, destdir, dependencies, ...)

Parámetros

Observaciones

Descarga e instala paquetes desde repositorios.

Los paquetes son colecciones de funciones R, datos y código compilado en un formato bien definido . Los repositorios públicos (y privados) se utilizan para alojar colecciones de paquetes R. La mayor colección de paquetes de R está disponible en CRAN.

Utilizando CRAN

Se puede instalar un paquete desde CRAN usando el siguiente código:

install.packages("dplyr")

Donde "dplyr" se conoce como un vector de caracteres.

Se pueden instalar más de un paquete de una sola vez utilizando la función de combinación c() y pasando una serie de vectores de caracteres de nombres de paquetes:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

En algunos casos, install.packages puede solicitar un CRAN duplicado o fallar, dependiendo del valor de getOption("repos") . Para evitar esto, especifique un espejo CRAN como argumento de repos :

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

Usando el argumento de repos también es posible instalar desde otros repositorios. Para obtener información completa sobre todas las opciones disponibles, ejecute ?install.packages .

La mayoría de los paquetes requieren funciones, que se implementaron en otros paquetes (por ejemplo, el paquete data.table ). Para instalar un paquete (o paquetes múltiples) con todos los paquetes, que son utilizados por este paquete dado, las dependencies los argumentos se deben establecer en TRUE ):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Utilizando bioconductor

Bioconductor alberga una importante colección de paquetes relacionados con Bioinformática. Proporcionan su propia gestión de paquetes centrada en la función de biocLite :

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

De forma predeterminada, esto instala un subconjunto de paquetes que proporcionan la funcionalidad más utilizada. Se pueden instalar paquetes específicos pasando un vector de nombres de paquetes. Por ejemplo, para instalar RImmPort desde Bioconductor:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

Instalar el paquete de origen local

Para instalar el paquete desde el archivo fuente local:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

Aquí, path_to_source es la ruta absoluta del archivo fuente local.

Otro comando que abre una ventana para elegir los archivos de origen zip o tar.gz descargados es:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

Otra forma posible es usar el RStudio basado en GUI :

Paso 1: Ir a Herramientas .

Paso 2: Vaya a Instalar paquetes .

Paso 3: en Instalar desde , configúrelo como archivo comprimido del paquete (.zip; .tar.gz)

Paso 4: A continuación, busque encontrar su archivo de paquete (por ejemplo crayon_1.3.1.zip) y después de algún tiempo (después de que se muestra la ruta del paquete y el nombre de la pestaña paquete de archivo)

Otra forma de instalar el paquete R desde una fuente local es usando la función install_local() del paquete devtools.

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

Instalar paquetes desde GitHub

Para instalar paquetes directamente desde GitHub use el paquete devtools :

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

Para instalar ggplot2 desde github:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

El comando anterior instalará la versión de ggplot2 que corresponde a la rama maestra . Para instalar desde una rama diferente de un repositorio, use el argumento ref para proporcionar el nombre de la rama. Por ejemplo, el siguiente comando instalará el dev_general rama de la googleway paquete.

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

Otra opción es usar el paquete ghit . Proporciona una alternativa ligera para instalar paquetes desde github:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

Para instalar un paquete que se encuentra en un repositorio privado en Github, genere un token de acceso personal en http://www.github.com/settings/tokens/ (Consulte? Install_github para obtener documentación sobre el mismo). Sigue estos pasos:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   Deberías ver lo siguiente:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   Esto evita el error común: "El certificado de igual no se puede autenticar con certificados de CA dados"

6. Finalmente, use el siguiente comando para instalar su paquete sin problemas

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

Alternativamente, establezca una variable de entorno GITHUB_PAT , usando

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

El PAT generado en Github solo es visible una vez, es decir, cuando se crea inicialmente, por lo que es prudente guardar ese token en .Rprofile . Esto también es útil si la organización tiene muchos repositorios privados.

Uso de un administrador de paquetes CLI - uso básico de pacman

pacman es un gestor de paquetes simple para R.

pacman permite al usuario cargar de forma compacta todos los paquetes deseados, instalando los que faltan (y sus dependencias), con un solo comando, p_load . pacman no requiere que el usuario escriba comillas alrededor del nombre de un paquete. El uso básico es el siguiente:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

El único paquete que requiere una declaración de library , require o install.packages con este enfoque es pacman :

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

o, igualmente válido:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Además de ahorrar tiempo al requerir menos código para administrar paquetes, pacman también facilita la construcción de código reproducible al instalar los paquetes necesarios si y solo si no están ya instalados.

Como es posible que no esté seguro de si pacman está instalado en la biblioteca de un usuario que usará su código (o usted mismo en usos futuros de su propio código), una buena práctica es incluir una declaración condicional para instalar pacman si aún no lo está. cargado:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Instalar la versión de desarrollo local de un paquete

Mientras se trabaja en el desarrollo de un paquete R, a menudo es necesario instalar la última versión del paquete. Esto se puede lograr construyendo primero una distribución de origen del paquete (en la línea de comandos)

R CMD build my_package

y luego instalarlo en R. Cualquier sesión R en ejecución con una versión anterior del paquete cargado tendrá que volver a cargarla.

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

Un enfoque más conveniente utiliza el paquete devtools para simplificar el proceso. En una sesión R con el directorio de trabajo configurado en el directorio del paquete

devtools::install()

construirá, instalará y recargará el paquete.