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संकुल स्थापित करना

वाक्य - विन्यास

• install.packages (pkgs, lib, repos, method, destdir, dependencies, ...)

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रिपॉजिटरी से पैकेज डाउनलोड और इंस्टॉल करें

संकुल आर-कार्य, डेटा और संकलित कोड को एक अच्छी तरह से परिभाषित प्रारूप में संग्रहित करते हैं। सार्वजनिक और (निजी) रिपॉजिटरी का उपयोग आर पैकेजों के संग्रह की मेजबानी के लिए किया जाता है। R संकुल का सबसे बड़ा संग्रह CRAN से उपलब्ध है।

CRAN का उपयोग करना

निम्नलिखित कोड का उपयोग करके CRAN से एक पैकेज स्थापित किया जा सकता है:

install.packages("dplyr")

जहाँ "dplyr" को एक वर्ण वेक्टर के रूप में जाना जाता है।

संयोजन फ़ंक्शन c() का उपयोग करके एक पैकेज में एक से अधिक पैकेज स्थापित किए जा सकते हैं और पैकेज नामों के वर्ण वेक्टर की एक श्रृंखला को पारित कर सकते हैं:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

कुछ मामलों में, getOption("repos") के मूल्य के आधार पर, CRAN दर्पण के लिए install.packages संकेत दे सकता है या विफल हो सकता है। इसे रोकने के लिए, repos तर्क के रूप में एक CRAN दर्पण निर्दिष्ट करें:

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

repos तर्क का उपयोग करना अन्य रिपॉजिटरी से स्थापित करना भी संभव है। सभी उपलब्ध विकल्पों के बारे में पूरी जानकारी के लिए ?install.packages चलाएँ।

अधिकांश पैकेजों में फ़ंक्शंस की आवश्यकता होती है, जिन्हें अन्य पैकेजों में लागू किया गया (जैसे पैकेज data.table )। सभी पैकेजों के साथ एक पैकेज (या कई पैकेज) स्थापित करने के लिए, जो इस दिए गए पैकेज द्वारा उपयोग किए जाते हैं, तर्क dependencies TRUE सेट की जानी चाहिए):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

बायोकॉन्टर का उपयोग करना

बायोकॉन्टर बॉयोफॉर्मेटिक्स से संबंधित पैकेजों का पर्याप्त संग्रह होस्ट करता है। वे अपने स्वयं के पैकेज प्रबंधन प्रदान करते हैं जो biocLite फ़ंक्शन के आसपास केंद्रित biocLite हैं:

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

डिफ़ॉल्ट रूप से यह उन पैकेजों का सबसेट स्थापित करता है जो सबसे अधिक उपयोग की जाने वाली कार्यक्षमता प्रदान करते हैं। विशिष्ट पैकेज पैकेज नामों के वेक्टर को पास करके स्थापित किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, RImmPort से RImmPort स्थापित करने के लिए:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

स्थानीय स्रोत से पैकेज स्थापित करें

स्थानीय स्रोत फ़ाइल से पैकेज स्थापित करने के लिए:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

यहां, path_to_source स्थानीय स्रोत फ़ाइल का पूर्ण पथ है।

डाउनलोड ज़िप या tar.gz स्रोत फ़ाइलों को चुनने के लिए एक विंडो खोलने वाली एक अन्य कमांड है:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

एक और संभावित तरीका GUI आधारित RStudio का उपयोग कर रहा है:

चरण 1: उपकरण पर जाएं।

चरण 2: स्थापित पैकेज पर जाएं।

चरण 3: इसमें पैकेज पुरालेख फ़ाइल (.zip; .tar.gz) के रूप में स्थापित से स्थापित करें

चरण 4: फिर ब्राउज़ करें अपने पैकेज फ़ाइल (crayon_1.3.1.zip कहते हैं) और कुछ समय बाद (यह पैकेज पथ दिखाता है और पैकेज पुरालेख टैब में फ़ाइल नाम दिखाता है)

स्थानीय स्रोत से R पैकेज को स्थापित करने का एक और तरीका devtools पैकेज से install_local() फ़ंक्शन का उपयोग कर रहा है।

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

GitHub से पैकेज स्थापित करें

GitHub से सीधे पैकेज स्थापित करने के लिए devtools पैकेज का उपयोग करें:

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

ggplot2 को github से संस्थापित करने के लिए:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

उपरोक्त कमांड ggplot2 के संस्करण को स्थापित करेगा जो मास्टर शाखा से मेल खाता है। रिपॉजिटरी की एक अलग शाखा से स्थापित करने के लिए शाखा का नाम प्रदान करने के लिए ref तर्क का उपयोग करें। उदाहरण के लिए, निम्न कमांड googleway पैकेज की dev_general शाखा स्थापित करेगा।

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

एक अन्य विकल्प ghit पैकेज का उपयोग करना है। यह जीथब से पैकेज स्थापित करने के लिए एक हल्का विकल्प प्रदान करता है:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

एक पैकेज को स्थापित करने के लिए, जो गितुब पर एक निजी भंडार में है, http://www.github.com/settings/tokens/ (देखें; उसी पर प्रलेखन के लिए? Install_github) पर एक निजी एक्सेस टोकन उत्पन्न करें। इन कदमों का अनुसरण करें:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   आपको निम्नलिखित देखना चाहिए:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   यह सामान्य त्रुटि को रोकता है: "सहकर्मी प्रमाण पत्र दिए गए सीए प्रमाण पत्र के साथ प्रमाणित नहीं किया जा सकता है"

6. अंत में, अपने पैकेज को मूल रूप से स्थापित करने के लिए निम्न कमांड का उपयोग करें

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

वैकल्पिक रूप से, एक पर्यावरण चर GITHUB_PAT का उपयोग करके सेट करें

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

Github में उत्पन्न PAT ही दिखाई एक बार, यानी, जब शुरू में बनाई गई है, इसलिए इसके विवेकपूर्ण में उस टोकन को बचाने के लिए है .Rprofile । यह भी उपयोगी है अगर संगठन में कई निजी रिपॉजिटरी हैं।

एक सीएलआई पैकेज मैनेजर का उपयोग करना - मूल पैक्मैन उपयोग

pacman R का एक साधारण पैकेज मैनेजर है।

pacman किसी एकल कमांड, p_load साथ किसी भी लापता (और उनकी निर्भरता) को स्थापित करने के लिए उपयोगकर्ता को सभी वांछित संकुल को लोड करने की अनुमति देता है। pacman को उपयोगकर्ता को पैकेज नाम के आसपास उद्धरण चिह्न टाइप करने की आवश्यकता नहीं होती है। मूल उपयोग निम्नानुसार है:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

इस दृष्टिकोण के साथ एक library , require , या install.packages कथन require आवश्यकता वाला एकमात्र पैकेज स्वयं pacman है:

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

या, समान रूप से मान्य:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

पैकेज को प्रबंधित करने के लिए कम कोड की आवश्यकता के द्वारा समय की बचत के अलावा, pacman किसी भी आवश्यक पैकेज को स्थापित करके और केवल अगर वे पहले से स्थापित नहीं हैं, तो प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य कोड के निर्माण की सुविधा प्रदान करता है।

चूँकि आप यह सुनिश्चित नहीं कर सकते हैं कि यदि pacman उपयोगकर्ता के पुस्तकालय में स्थापित है, जो आपके कोड का उपयोग करेगा (या भविष्य में अपने स्वयं के कोड का उपयोग करता है) एक सबसे अच्छा अभ्यास यह है कि यदि वह पहले से ही नहीं है, तो pacman स्थापित करने के लिए एक सशर्त विवरण शामिल करें लदा हुआ:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

पैकेज का स्थानीय विकास संस्करण स्थापित करें

आर पैकेज के विकास पर काम करते समय, पैकेज के नवीनतम संस्करण को स्थापित करना अक्सर आवश्यक होता है। इसे पैकेज के स्रोत वितरण (कमांड लाइन पर) के पहले निर्माण से प्राप्त किया जा सकता है।

R CMD build my_package

और फिर आर में इसे स्थापित करना । लोड किए गए पैकेज के पिछले संस्करण के साथ चलने वाले किसी भी सत्र को इसे फिर से लोड करना होगा।

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

एक और अधिक सुविधाजनक दृष्टिकोण प्रक्रिया को सरल बनाने के लिए devtools पैकेज का उपयोग करता है। एक आर सत्र में वर्किंग डायरेक्टरी के साथ पैकेज डायरेक्टरी के लिए

devtools::install()

पैकेज का निर्माण, स्थापित और पुनः लोड करेगा।