R Language
Установка пакетов

Синтаксис

• install.packages (pkgs, lib, repos, method, destdir, зависимости, ...)

параметры

замечания

Загрузка и установка пакетов из репозиториев

Пакеты представляют собой коллекции R-функций, данных и скомпилированного кода в четко определенном формате . Публичные (и частные) репозитории используются для размещения коллекций пакетов R. Самая большая коллекция R-пакетов доступна в CRAN.

Использование CRAN

Пакет можно установить из CRAN, используя следующий код:

install.packages("dplyr")

Где "dplyr" называется символьным вектором.

Несколько пакетов можно установить за один раз с помощью функции c() и передачи серии символов символов имен пакетов:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

В некоторых случаях install.packages может запрашивать зеркало CRAN или сбой, в зависимости от значения getOption("repos") . Чтобы предотвратить это, укажите зеркало CRAN в качестве аргумента repos :

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

Используя аргумент repos вы также можете установить его из других репозиториев. Для получения полной информации обо всех доступных параметрах запустите ?install.packages .

В большинстве пакетов требуются функции, которые были реализованы в других пакетах (например, в data.table ). Чтобы установить пакет (или несколько пакетов) со всеми пакетами, которые используются этим пакетом, для dependencies аргументов следует установить значение TRUE ):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Использование биокондуктора

Bioconductor размещает значительную коллекцию пакетов, связанных с биоинформатикой. Они обеспечивают собственное управление пакетами, основанное на функции biocLite :

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

По умолчанию это устанавливает подмножество пакетов, которые предоставляют наиболее часто используемые функции. Конкретные пакеты могут быть установлены путем передачи вектора имен пакетов. Например, для установки RImmPort из Bioconductor:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

Установить пакет из локального источника

Чтобы установить пакет из локального исходного файла:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

Здесь path_to_source является абсолютным путем для локального исходного файла.

Другая команда, открывающая окно для выбора загруженных исходных файлов zip или tar.gz:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

Другим возможным способом является использование RStudio на основе графического интерфейса :

Шаг 1. Перейдите в раздел «Инструменты» .

Шаг 2. Перейдите в папку Install Packages .

Шаг 3: В Install From установите его как файл архива пакетов (.zip; .tar.gz)

Шаг 4: Затем Browse найдите файл пакета (скажем crayon_1.3.1.zip) и через некоторое время (после того, как он показывает путь пакета и имя файла на вкладке « Архив архива »)

Другой способ установки пакета R из локального источника - использовать функцию install_local() из пакета devtools.

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

Установка пакетов из GitHub

Для установки пакетов непосредственно из GitHub используйте пакет devtools :

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

Чтобы установить ggplot2 из github:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

Вышеупомянутая команда установит версию ggplot2 которая соответствует основной ветке. Для установки из другой ветви репозитория используйте аргумент ref чтобы указать имя ветки. Например, следующая команда установит dev_general ветвь googleway пакета.

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

Другой вариант - использовать пакет ghit . Он обеспечивает легкую альтернативу для установки пакетов из github:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

Чтобы установить пакет, который находится в частном репозитории в Github, создайте токен доступа для доступа по адресу http://www.github.com/settings/tokens/ (см.? Install_github для документации по тому же). Следуй этим шагам:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   Вы должны увидеть следующее:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   Это предотвращает общую ошибку: «Сертификат peer не может быть аутентифицирован с данными сертификатами CA»

6. Наконец, используйте следующую команду для простой установки пакета

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

Альтернативно, установите переменную среды GITHUB_PAT , используя

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

PAT, сгенерированный в Github, отображается только один раз, т. .Rprofile Когда он создан изначально, поэтому его разумно сохранить этот токен в .Rprofile . Это также полезно, если у организации много частных репозиториев.

Использование диспетчера пакетов CLI - базовое использование pacman

pacman - простой менеджер пакетов для R.

pacman позволяет пользователю компактно загружать все нужные пакеты, устанавливая все, что отсутствует (и их зависимости), с помощью одной команды p_load . pacman не требует, чтобы пользователь вводил кавычки вокруг имени пакета. Основное использование:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Единственный пакет требует library , require , или install.packages заявление с этим подходом является pacman сам:

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

или, что в равной степени справедливо:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Помимо экономии времени, требуя меньше кода для управления пакетами, pacman также облегчает создание воспроизводимого кода, устанавливая любые необходимые пакеты тогда и только тогда, когда они еще не установлены.

Поскольку вы не уверены в том, что pacman установлен в библиотеке пользователя, который будет использовать ваш код (или самостоятельно в будущем использовании вашего собственного кода), лучше всего включить условный оператор для установки pacman если он еще не установлен нагрузить:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Установите локальную версию пакета

При работе над разработкой пакета R часто необходимо установить последнюю версию пакета. Это может быть достигнуто путем создания исходного дистрибутива пакета (в командной строке)

R CMD build my_package

а затем установите его в R. Любые запущенные сеансы R с предыдущей версией загруженного пакета необходимо перезагрузить.

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

Более удобный подход использует пакет devtools для упрощения процесса. В сеансе R с рабочим каталогом, установленным в каталог пакета

devtools::install()

будет создавать, устанавливать и перезагружать пакет.