R Language
Tworzenie raportów za pomocą RMarkdown

Drukowanie tabel

Istnieje kilka pakietów, które umożliwiają wyjście struktur danych w postaci tabel HTML lub LaTeX. Różnią się głównie elastycznością.

Tutaj korzystam z pakietów:

• knitr
• xtable
• sutener

Do dokumentów HTML

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Dla dokumentów PDF

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Jak mogę zatrzymać drukowanie xtable przed każdym stołem?

options(xtable.comment = FALSE)

W tym polecenia LaTeX Preample

Istnieją dwa sposoby włączenia poleceń preambuły LaTeX (np. \usepackage ) do dokumentu RMarkdown.

1. Korzystanie z opcji YAML header-includes :

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes: 
   - \renewcommand{\familydefault}{cmss}
   - \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
   - \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Moden Font!

2. Łącznie z poleceniami zewnętrznymi z includes , in_header

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: includes.tex
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Modern Font!

Tutaj zawartość include.tex to te same trzy polecenia, które zawarliśmy z header-includes .

Pisanie zupełnie nowego szablonu

Możliwą trzecią opcją jest napisanie własnego szablonu LaTex i dołączenie go do template . Ale obejmuje to znacznie więcej struktury niż tylko preambułę.

---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
  pdf_document:
    template: myTemplate.tex
---

W tym bibliografie

Katalog bibtex cna można łatwo dołączyć do bibliography: opcji YAML:. Określony styl bibliografii można dodać w biblio-style: Odniesienia są dodawane na końcu dokumentu.

---
title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---

# Abstract

@R_Core_Team_2016

# References

Podstawowa struktura dokumentu R-Markdown

Fragmenty kodu R.

R-markdown to plik przeceny z osadzonymi blokami kodu R zwanymi porcjami . Istnieją dwa typy fragmentów kodu R: wbudowany i blokowy .

Fragmenty wstawiane są dodawane przy użyciu następującej składni:

`r 2*2`

Są oceniane i wstawiają swoją odpowiedź wyjściową na miejscu.

Fragmenty bloku mają inną składnię:

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

I mają kilka możliwych opcji. Oto główne (ale jest wiele innych):

• echo (boolean) kontroluje, czy kod wewnątrz fragmentu zostanie zawarty w dokumencie
• obejmują (logiczne) elementy sterujące, czy dane wyjściowe powinny być zawarte w dokumencie
• rys. szerokość (numeryczna) ustawia szerokość liczb wyjściowych
• rys. wysokość (numeryczna) ustawia wysokość liczb wyjściowych
• rys. cap (znak) ustawia podpisy pod rysunkami

Są zapisywane w prostym formacie tag=value , jak w powyższym przykładzie.

Przykład dokumentu R-markdown

Poniżej znajduje się podstawowy przykład pliku R-markdown ilustrujący sposób osadzania fragmentów kodu R wewnątrz r-markdown.

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

# Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

Konwertowanie R-markdown na inne formaty

Pakiet R knitr może być używany do oceny porcji R w pliku R-markdown i przekształcenia go w zwykły plik markdown.

Aby przekształcić plik R-markdown w pdf / html, konieczne są następujące kroki:

1. Konwertuj plik R-markdown do pliku markdown za pomocą knitr .
2. Konwertuj uzyskany plik przeceny do pdf / html przy użyciu specjalistycznych narzędzi, takich jak pandoc .

Oprócz powyższego pakietu knitr ma funkcje otoki knit2html() i knit2pdf() , których można użyć do wytworzenia końcowego dokumentu bez pośredniego kroku ręcznej konwersji go do formatu przeceny:

Jeśli powyższy przykładowy plik został zapisany jako income.Rmd można go przekonwertować na plik pdf za pomocą następujących poleceń R:

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

Ostateczny dokument będzie podobny do poniższego.