R Language
Pakketten installeren

Syntaxis

• install.packages (pkgs, lib, repos, methode, destdir, afhankelijkheden, ...)

parameters

Opmerkingen

Pakketten downloaden en installeren vanuit repositories

Pakketten zijn verzamelingen van R-functies, gegevens en gecompileerde code in een goed gedefinieerd formaat . Openbare (en privé) opslagplaatsen worden gebruikt om collecties van R-pakketten te hosten. De grootste verzameling R-pakketten is verkrijgbaar bij CRAN.

CRAN gebruiken

Een pakket kan vanuit CRAN worden geïnstalleerd met behulp van de volgende code:

install.packages("dplyr")

Waar naar "dplyr" wordt verwezen als een karaktervector.

Meerdere pakketten kunnen in één keer worden geïnstalleerd door de combinatiefunctie c() en een reeks karaktervector van pakketnamen door te geven:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

In sommige gevallen kan install.packages vragen om een CRAN-mirror of mislukken, afhankelijk van de waarde van getOption("repos") . Om dit te voorkomen, geeft u een CRAN mirror op als repos argument:

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

Met behulp van het repos argument is het ook mogelijk om vanuit andere repositories te installeren. Voor volledige informatie over alle beschikbare opties, voer ?install.packages .

De meeste pakketten vereisen functies, die werden geïmplementeerd in andere pakketten (bijvoorbeeld de data.table ). Om een pakket (of meerdere pakketten) alle pakketten die worden gebruikt door deze gegeven pakket te installeren, het argument dependencies worden ingesteld op TRUE ):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Bioconductor gebruiken

Bioconductor herbergt een substantiële verzameling pakketten met betrekking tot Bioinformatica. Ze bieden hun eigen pakketbeheer rond de biocLite functie:

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

Standaard installeert dit een subset van pakketten die de meestgebruikte functionaliteit bieden. Specifieke pakketten kunnen worden geïnstalleerd door een vector met pakketnamen door te geven. Om bijvoorbeeld RImmPort van Bioconductor te installeren:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

Installeer pakket van lokale bron

Pakket installeren vanuit lokaal bronbestand:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

Hier is path_to_source absolute pad van het lokale bronbestand.

Een andere opdracht die een venster opent om gedownloade zip- of tar.gz-bronbestanden te kiezen is:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

Een andere mogelijke manier is het gebruik van de GUI-gebaseerde RStudio :

Stap 1: Ga naar Tools .

Stap 2: Ga naar Pakketten installeren .

Stap 3: Stel het in de Install From in als Package Archive File (.zip; .tar.gz)

Stap 4: Dan Browse vind uw pakket bestand (zeg crayon_1.3.1.zip) en na enige tijd (na het toont het pad en de bestandsnaam van de verpakking in het tabblad Package Archive)

Een andere manier om het R-pakket van de lokale bron te installeren, is met de functie install_local() van het devtools-pakket.

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

Installeer pakketten van GitHub

Om pakketten rechtstreeks vanuit GitHub te installeren, gebruikt u het devtools pakket:

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

Om ggplot2 te installeren vanuit github:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

Het bovenstaande commando zal de versie van installeren ggplot2 die overeenkomt met de master branch. Om te installeren vanuit een andere tak van een repository gebruikt u het argument ref om de naam van de tak op te geven. Met de volgende opdracht wordt bijvoorbeeld de tak dev_general van het googleway pakket googleway .

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

Een andere optie is om het ghit pakket te gebruiken. Het biedt een lichtgewicht alternatief voor het installeren van pakketten van github:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

Om een pakket dat is in een prive-repository op GitHub te installeren, het genereren van een persoonlijke toegangscode token op http://www.github.com/settings/tokens/ (zie? Install_github voor documentatie over hetzelfde). Volg deze stappen:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   Je zou het volgende moeten zien:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   Dit voorkomt de veel voorkomende fout: "Peer-certificaat kan niet worden geverifieerd met bepaalde CA-certificaten"

6. Gebruik ten slotte de volgende opdracht om uw pakket naadloos te installeren

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

U kunt ook een omgevingsvariabele GITHUB_PAT met behulp van

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

De PAT die is gegenereerd in Github is slechts eenmaal zichtbaar, dat wil zeggen wanneer deze aanvankelijk is gemaakt, dus het is verstandig om dat token in .Rprofile op te .Rprofile . Dit is ook handig als de organisatie veel privérepository's heeft.

Een CLI-pakketmanager gebruiken - basisgebruik van pacman

pacman is een eenvoudige pakketbeheerder voor R.

pacman kan een gebruiker alle gewenste pakketten compact laden en alle pakketten die ontbreken (en hun afhankelijkheden) installeren, met één opdracht, p_load . pacman vereist niet dat de gebruiker aanhalingstekens rond een pakketnaam typt. Basisgebruik is als volgt:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Het enige pakket waarvoor een library , require , of install.packages statement met deze benadering is pacman zelf:

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

of, even geldig:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Naast het besparen van tijd door minder code te vereisen om pakketten te beheren, vergemakkelijkt pacman ook de constructie van reproduceerbare code door de benodigde pakketten te installeren als en alleen als ze nog niet zijn geïnstalleerd.

Aangezien u misschien niet zeker weet of pacman is geïnstalleerd in de bibliotheek van een gebruiker die uw code zal gebruiken (of door uzelf bij toekomstig gebruik van uw eigen code), is het een goede praktijk om een voorwaardelijke verklaring op te nemen om pacman te installeren als dit nog niet is gebeurd geladen:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Installeer de lokale ontwikkelingsversie van een pakket

Bij het ontwikkelen van een R-pakket is het vaak nodig om de nieuwste versie van het pakket te installeren. Dit kan worden bereikt door eerst een brondistributie van het pakket te bouwen (op de opdrachtregel)

R CMD build my_package

en vervolgens te installeren in R. Alle actieve R-sessies waarbij de vorige versie van het pakket is geladen, moeten opnieuw worden geladen.

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

Een handiger aanpak maakt gebruik van het devtools pakket om het proces te vereenvoudigen. In een R-sessie met de werkmap ingesteld op de pakketmap

devtools::install()

zal het pakket bouwen, installeren en herladen.