R Language
Installazione dei pacchetti

Sintassi

• install.packages (pkgs, lib, repos, metodo, destdir, dipendenze, ...)

Parametri

Osservazioni

Scarica e installa i pacchetti dai repository

I pacchetti sono raccolte di funzioni R, dati e codice compilato in un formato ben definito . Repository pubblici (e privati) vengono utilizzati per ospitare raccolte di pacchetti R. La più grande collezione di pacchetti R è disponibile da CRAN.

Utilizzo di CRAN

Un pacchetto può essere installato da CRAN usando il seguente codice:

install.packages("dplyr")

Dove "dplyr" è indicato come un vettore di caratteri.

È possibile installare più pacchetti contemporaneamente utilizzando la funzione di combinazione c() e passando una serie di caratteri vettoriali dei nomi dei pacchetti:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

In alcuni casi, install.packages potrebbe richiedere un mirror CRAN o un errore, a seconda del valore di getOption("repos") . Per evitare ciò, specificare un mirror CRAN come argomento repos :

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

Utilizzando l'argomento repos è anche possibile installare da altri repository. Per informazioni complete su tutte le opzioni disponibili, eseguire ?install.packages .

La maggior parte dei pacchetti richiede funzioni, che sono state implementate in altri pacchetti (ad esempio il pacchetto data.table ). Per installare un pacchetto (o più pacchetti) con tutti i pacchetti, che sono usati da questo pacchetto, le dependencies degli argomenti dovrebbero essere impostate su TRUE ):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Utilizzando Bioconductor

Il bioconduttore ospita una notevole raccolta di pacchetti relativi alla bioinformatica. Forniscono la propria gestione dei pacchetti incentrata sulla funzione biocLite :

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

Per impostazione predefinita, installa un sottoinsieme di pacchetti che fornisce le funzionalità più comunemente utilizzate. I pacchetti specifici possono essere installati passando un vettore di nomi di pacchetti. Ad esempio, per installare RImmPort da Bioconductor:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

Installa pacchetto dalla sorgente locale

Per installare il pacchetto dal file di origine locale:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

Qui, path_to_source è il percorso assoluto del file sorgente locale.

Un altro comando che apre una finestra per scegliere i file di origine zip o tar.gz scaricati è:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

Un altro modo possibile è utilizzare RStudio basato su GUI :

Passaggio 1: vai su Strumenti .

Passaggio 2: vai a Installa pacchetti .

Passo 3: In Installa Da impostalo come file di archiviazione del pacchetto (.zip; .tar.gz)

Passaggio 4: Sfoglia il file del pacchetto (ad esempio crayon_1.3.1.zip) e dopo un po 'di tempo (dopo aver mostrato il percorso del pacchetto e il nome del file nella scheda Archivio pacchetti )

Un altro modo per installare il pacchetto R dalla sorgente locale è usare la funzione install_local() dal pacchetto devtools.

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

Installa i pacchetti da GitHub

Per installare i pacchetti direttamente da GitHub, usa il pacchetto devtools :

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

Per installare ggplot2 da github:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

Il comando precedente installerà la versione di ggplot2 che corrisponde al ramo principale . Per installare da un ramo diverso di un repository utilizzare l'argomento ref per fornire il nome del ramo. Ad esempio, il seguente comando installa la dev_general ramo del googleway pacchetto.

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

Un'altra opzione è usare il pacchetto ghit . Fornisce un'alternativa leggera per l'installazione di pacchetti da github:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

Per installare un pacchetto che si trova in un repository privato su Github, generare un token di accesso personale all'indirizzo http://www.github.com/settings/tokens/ (vedere? Install_github per la documentazione sullo stesso). Segui questi passi:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   Dovresti vedere quanto segue:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   Ciò impedisce l'errore comune: "Il certificato peer non può essere autenticato con determinati certificati CA"

6. Infine, usa il seguente comando per installare il tuo pacchetto senza problemi

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

In alternativa, imposta una variabile d'ambiente GITHUB_PAT , usando

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

Il PAT generato in Github è visibile solo una volta, cioè quando viene creato inizialmente, quindi è prudente salvare quel token in .Rprofile . Questo è anche utile se l'organizzazione ha molti repository privati.

Utilizzo di un gestore di pacchetti CLI: utilizzo di base di pacman

pacman è un semplice gestore di pacchetti per R.

pacman consente a un utente di caricare in modo compatto tutti i pacchetti desiderati, installando quelli mancanti (e le loro dipendenze), con un unico comando, p_load . pacman non richiede all'utente di digitare le virgolette attorno al nome di un pacchetto. L'utilizzo di base è il seguente:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

L'unico pacchetto che require un'istruzione library , require o install.packages con questo approccio è pacman stesso:

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

o, ugualmente valido:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Oltre a risparmiare tempo richiedendo meno codice per gestire i pacchetti, pacman facilita anche la costruzione di codice riproducibile installando i pacchetti necessari se e solo se non sono già installati.

Dato che potresti non essere sicuro che pacman sia installato nella libreria di un utente che userà il tuo codice (o da solo in futuri usi del tuo codice) una best practice è includere un'istruzione condizionale per installare pacman se non lo è già caricato:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Installa la versione di sviluppo locale di un pacchetto

Mentre si lavora sullo sviluppo di un pacchetto R, è spesso necessario installare l'ultima versione del pacchetto. Questo può essere ottenuto creando innanzitutto una distribuzione di origine del pacchetto (sulla riga di comando)

R CMD build my_package

e quindi installarlo in R. Qualsiasi sessione R in esecuzione con la versione precedente del pacchetto caricato dovrà ricaricarla.

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

Un approccio più conveniente utilizza il pacchetto devtools per semplificare il processo. In una sessione R con la directory di lavoro impostata sulla directory del pacchetto

devtools::install()

costruirà, installerà e ricaricherà il pacchetto.