R Language
Installera paket

Syntax

• install.packages (pkgs, lib, repos, metod, destdir, beroenden, ...)

parametrar

Anmärkningar

Ladda ner och installera paket från förråd

Paket är samlingar av R-funktioner, data och sammanställd kod i ett väldefinierat format . Offentliga (och privata) förvar används för att vara värd för samlingar av R-paket. Den största samlingen av R-paket är tillgänglig från CRAN.

Använda CRAN

Ett paket kan installeras från CRAN med följande kod:

install.packages("dplyr")

Där "dplyr" kallas en teckenvektor.

Mer än ett paket kan installeras på en gång genom att använda kombinationsfunktionen c() och passera en serie teckenvektor för paketnamn:

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

I vissa fall kan install.packages be om en CRAN-spegel eller misslyckas, beroende på värdet på getOption("repos") . För att förhindra detta anger du en CRAN-spegel som repos :

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

Med repos är det också möjligt att installera från andra förvar. För fullständig information om alla tillgängliga alternativ, kör ?install.packages .

De flesta paket kräver funktioner som implementerades i andra paket (t.ex. data.table ). För att installera ett paket (eller flera paket) med alla paket, som används av detta givet paket argumentet dependencies bör sättas till TRUE ):

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Använda bioledare

Bioledare är värd för en betydande samling paket relaterade till Bioinformatics. De tillhandahåller sin egen pakethantering centrerad kring biocLite funktionen:

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

Som standard installerar detta en deluppsättning paket som tillhandahåller den mest använda funktionen. Specifika paket kan installeras genom att skicka en vektor med paketnamn. För att till exempel installera RImmPort från Bioconductor:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

Installera paketet från lokal källa

Så här installerar du paket från den lokala källfilen:

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

Här är path_to_source absoluta sökvägen för den lokala källfilen.

Ett annat kommando som öppnar ett fönster för att välja nedladdade zip- eller tar.gz-källfiler är:

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

Ett annat möjligt sätt är att använda den GUI-baserade RStudio :

Steg 1: Gå till Verktyg .

Steg 2: Gå till Installera paket .

Steg 3: I Installera från ställer du in det som paketarkivfil (.zip; .tar.gz)

Steg 4: Bläddra sedan igenom din paketfil (säg crayon_1.3.1.zip) och efter en tid (efter att den visar paket sökvägen och filnamnet på fliken Package Archive )

Ett annat sätt att installera R-paket från lokal källa är att använda install_local() -funktionen från devtools-paketet.

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

Installera paket från GitHub

För att installera paket direkt från GitHub använder du devtools paketet:

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

ggplot2 installerar du ggplot2 från github:

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

Ovanstående kommando kommer att installera version av ggplot2 som motsvarar huvudgren. För att installera från en annan gren i ett förvar använder du ref argumentet för att ange grenens namn. Till exempel kommer följande kommando att installera dev_general grenen för googleway paketet.

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

Ett annat alternativ är att använda ghit paketet. Det ger ett lätt alternativ för att installera paket från github:

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

För att installera ett paket som finns i ett privat förvar på Github, genererar du ett personligt åtkomsttoken på http://www.github.com/settings/tokens/ (Se? Install_github för dokumentation om samma). Följ dessa steg:

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   Du bör se följande:

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   Detta förhindrar det vanliga felet: "Peer-certifikat kan inte verifieras med givna CA-certifikat"

6. Slutligen använder du följande kommando för att installera ditt paket sömlöst

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

Alternativt kan du ställa in en miljövariabel GITHUB_PAT med

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

PAT som genereras i Github är bara synlig en gång, dvs när den skapades initialt, så det är klokt att spara det token i .Rprofile . Detta är också bra om organisationen har många privata förvar.

Använda en CLI-pakethanterare - grundläggande användning av pacman

pacman är en enkel paketansvarig för R.

pacman tillåter en användare att ladda alla önskade paket kompakt och installera alla som saknas (och deras beroenden), med ett enda kommando, p_load . pacman kräver inte att användaren skriver citattecken runt ett paketnamn. Grundläggande användning är följande:

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Det enda paketet som kräver ett library , require eller install.packages uttalande med denna metod är pacman själv:

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

eller lika giltigt:

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Förutom att spara tid genom att kräva mindre kod för att hantera paket, underlättar pacman också konstruktionen av reproducerbar kod genom att installera nödvändiga paket om och bara om de inte redan är installerade.

Eftersom du kanske inte är säker på om pacman är installerat i biblioteket för en användare som kommer att använda din kod (eller av dig själv i framtida användningar av din egen kod) är en bästa praxis att inkludera ett villkorligt uttalande för att installera pacman om det inte redan är lastad:

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

Installera en lokal utvecklingsversion av ett paket

När man arbetar med utvecklingen av ett R-paket är det ofta nödvändigt att installera den senaste versionen av paketet. Detta kan uppnås genom att först bygga en källfördelning av paketet (på kommandoraden)

R CMD build my_package

och installera det sedan i R. Alla körande R-sessioner med den tidigare versionen av paketet som laddas måste ladda om det.

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

En mer bekväm metod använder devtools paketet för att förenkla processen. I en R-session med arbetskatalogen inställd på paketkatalogen

devtools::install()

kommer att bygga, installera och ladda om paketet.