R Language
Rapporten maken met RMarkdown

Tabellen afdrukken

Er zijn verschillende pakketten waarmee gegevensstructuren kunnen worden uitgevoerd in de vorm van HTML- of LaTeX-tabellen. Ze verschillen meestal in flexibiliteit.

Hier gebruik ik de pakketten:

• knitr
• xtable
• pander

Voor HTML-documenten

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Voor PDF-documenten

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Hoe kan ik voorkomen dat het commentaar vóór elke tafel wordt afgedrukt?

options(xtable.comment = FALSE)

Inclusief LaTeX Preample-opdrachten

Er zijn twee mogelijke manieren om LaTeX-preambuleopdrachten (bijvoorbeeld \usepackage ) in een RMarkdown-document op te nemen.

1. Met behulp van de YAML-optie header-includes :

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes: 
   - \renewcommand{\familydefault}{cmss}
   - \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
   - \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Moden Font!

2. Inclusief externe opdrachten met includes , in_header

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: includes.tex
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Modern Font!

Hier zijn de inhoud van include.tex dezelfde drie opdrachten die we hebben opgenomen met header-includes .

Een geheel nieuw sjabloon schrijven

Een mogelijke derde optie is om uw eigen LaTex-sjabloon te schrijven en deze met een template . Maar dit omvat veel meer van de structuur dan alleen de preambule.

---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
  pdf_document:
    template: myTemplate.tex
---

Inclusief bibliografieën

Een bibtex-catalogus kan eenvoudig worden opgenomen in de YAML- bibliography: Een bepaalde stijl voor de bibliografie kan worden toegevoegd met biblio-style: De referenties worden aan het einde van het document toegevoegd.

---
title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---

# Abstract

@R_Core_Team_2016

# References

Basis R-markdown documentstructuur

Brokken met R-markdown-code

R-markdown is een markdown-bestand met ingesloten blokken R-code, chunks genoemd . Er zijn twee soorten R-code chunks: inline en block .

Inline chunks worden toegevoegd met behulp van de volgende syntaxis:

`r 2*2`

Ze worden geëvalueerd en hun uitvoerantwoord ingevoegd.

Blok brokken hebben een andere syntaxis:

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

En ze komen met verschillende mogelijke opties. Dit zijn de belangrijkste (maar er zijn er nog veel meer):

• echo (boolean) bepaalt of de code in het stuk in het document wordt opgenomen
• include (boolean) controls of de output in het document moet worden opgenomen
• fig.width (numeriek) stelt de breedte van de uitvoercijfers in
• fig.height (numeriek) stelt de hoogte van de outputcijfers in
• fig.cap (character) stelt de figuurbijschriften in

Ze zijn geschreven in een eenvoudige tag=value indeling zoals in het bovenstaande voorbeeld.

Voorbeeld van R-markdown-document

Hieronder ziet u een eenvoudig voorbeeld van een R-markdown-bestand dat de manier illustreert waarop R-codebrokken zijn ingesloten in r-markdown.

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

# Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

R-markdown converteren naar andere formaten

Het R knitr pakket kan worden gebruikt om R-stukken in het R-markdown-bestand te evalueren en er een regulier markdown-bestand van te maken.

De volgende stappen zijn nodig om het R-markdown-bestand om te zetten in pdf / html:

1. Converteer R-markdown-bestand naar knitr bestand met knitr .
2. Converteer het verkregen markdown-bestand naar pdf / html met behulp van gespecialiseerde tools zoals pandoc .

Naast het bovenstaande knitr pakket heeft wrapper-functies knit2html() en knit2pdf() die kunnen worden gebruikt om het uiteindelijke document te produceren zonder de tussenstap van het handmatig converteren naar het markdown-formaat:

Als het bovenstaande voorbeeldbestand is opgeslagen als income.Rmd kan het worden geconverteerd naar een pdf bestand met de volgende R-opdrachten:

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

Het uiteindelijke document is vergelijkbaar met het document hieronder.