R Language
Erstellen von Berichten mit RMarkdown

Tabellen drucken

Es gibt mehrere Pakete, die die Ausgabe von Datenstrukturen in Form von HTML- oder LaTeX-Tabellen ermöglichen. Sie unterscheiden sich meist in der Flexibilität.

Hier verwende ich die Pakete:

• Knitr
• xtabelle
• Kuppler

Für HTML-Dokumente

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Für PDF-Dokumente

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Wie kann ich stoppen, dass xtable den Kommentar vor jeder Tabelle druckt?

options(xtable.comment = FALSE)

Einschließlich LaTeX Preample-Befehle

Es gibt zwei Möglichkeiten, LaTeX-Präambelbefehle (z. B. \usepackage ) in ein RMarkdown-Dokument aufzunehmen.

1. Verwendung der YAML-Option header-includes :

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes: 
   - \renewcommand{\familydefault}{cmss}
   - \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
   - \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Moden Font!

2. Einschließen externer Befehle mit includes in_header

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: includes.tex
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Modern Font!

Der Inhalt von Includes.tex sind die gleichen drei Befehle, die wir mit header-includes .

Eine ganz neue Vorlage schreiben

Eine mögliche dritte Möglichkeit besteht darin, eine eigene LaTex-Vorlage zu schreiben und sie der template hinzuzufügen. Dies deckt jedoch viel mehr als nur die Präambel ab.

---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
  pdf_document:
    template: myTemplate.tex
---

Einschließlich Bibliographien

Ein bibtex-Katalog kann leicht in die YAML-Optionsbibliographie aufgenommen werden bibliography: Ein bestimmter Stil für die Bibliographie kann mit dem biblio-style: hinzugefügt werden biblio-style: Die Referenzen werden am Ende des Dokuments hinzugefügt.

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title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---

# Abstract

@R_Core_Team_2016

# References

Grundlegende R-Markdown-Belegstruktur

R-Markdown-Codeabschnitte

R-Markdown ist eine Markdown-Datei mit eingebetteten Blöcken von R-Code, die als Chunks bezeichnet werden . Es gibt zwei Arten von R-Code- Blöcken : Inline und Block .

Inline- Blöcke werden mit der folgenden Syntax hinzugefügt:

`r 2*2`

Sie werden ausgewertet und ihre Ausgabe-Antwort eingefügt.

Block Stücke haben eine andere Syntax:

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

Und sie haben verschiedene Möglichkeiten. Hier sind die wichtigsten (aber es gibt viele andere):

• echo (boolean) steuert, ob der Code in chunk in das Dokument aufgenommen wird
• include (boolean) Steuerelemente, ob die Ausgabe im Dokument enthalten sein soll
• fig.width (numerisch) legt die Breite der Ausgabefiguren fest
• fig.height (numerisch) legt die Höhe der Ausgabefiguren fest
• fig.cap (Zeichen) legt die Bildunterschriften fest

Sie werden in einem einfachen tag=value Format wie im obigen Beispiel geschrieben.

Beispiel für ein R-Markdown-Dokument

Nachfolgend finden Sie ein grundlegendes Beispiel für eine R-Markdown-Datei, die veranschaulicht, wie R-Code-Blöcke in R-Markdown eingebettet werden.

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

# Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

Konvertierung von R-Markdown in andere Formate

Mit dem R knitr Paket können R-Blöcke in der R-Markdown-Datei ausgewertet und in eine reguläre Markdown-Datei umgewandelt werden.

Die folgenden Schritte sind erforderlich, um die R-Markdown-Datei in pdf / html umzuwandeln:

1. Konvertieren R-Abschlags - Datei Abschlags - Datei mit knitr .
2. Konvertieren Sie die erhaltene Markdown-Datei mit speziellen Tools wie Pandoc in pdf / html.

Neben dem obigen knitr Paket gibt es die Wrapper-Funktionen knit2html() und knit2pdf() , mit deren Hilfe das endgültige Dokument ohne Zwischenschritt der manuellen Umwandlung in das Markdown-Format erstellt werden kann:

Wenn die obige Beispieldatei als income.Rmd gespeichert wurde, kann sie mit den folgenden R-Befehlen in eine pdf Datei konvertiert werden:

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

Das endgültige Dokument wird dem folgenden ähneln.