R Language
Skapa rapporter med RMarkdown

Skriva ut tabeller

Det finns flera paket som tillåter utmatning av datastrukturer i form av HTML- eller LaTeX-tabeller. De skiljer sig mestadels i flexibilitet.

Här använder jag paketen:

• knitr
• XTABLE
• pander

För HTML-dokument

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

För PDF-dokument

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Hur kan jag sluta xtable skriva ut kommentaren före varje tabell?

options(xtable.comment = FALSE)

Inklusive LaTeX Preample-kommandon

Det finns två möjliga sätt att inkludera LaTeX-ingresskommandon (t.ex. \usepackage ) i ett RMarkdown-dokument.

1. Använd YAML-alternativet header-includes :

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes: 
   - \renewcommand{\familydefault}{cmss}
   - \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
   - \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Moden Font!

2. Inklusive externa kommandon med includes , in_header

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: includes.tex
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Modern Font!

Här är innehållet i include.tex samma tre kommandon som vi inkluderade med header-includes .

Att skriva en helt ny mall

Ett möjligt tredje alternativ är att skriva din egen LaTex-mall och inkludera den med template . Men detta täcker mycket mer av strukturen än bara ingressen.

---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
  pdf_document:
    template: myTemplate.tex
---

Inklusive bibliografier

En bibtex-katalog cna kan lätt inkluderas med YAML-alternativets bibliography: :. En viss stil för bibliografin kan läggas till med biblio-style: Hänvisningarna läggs till i slutet av dokumentet.

---
title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---

# Abstract

@R_Core_Team_2016

# References

Grundläggande R-markdown-dokumentstruktur

R-markdown-kodbitar

R-markdown är en markdown-fil med inbäddade block av R-kod som kallas bitar . Det finns två typer av R-kodbitar: inline och block .

Inline bitar läggs till med följande syntax:

`r 2*2`

De utvärderas och sätter in sitt output-svar på plats.

Block bitar har en annan syntax:

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

Och de har flera möjliga alternativ. Här är de viktigaste (men det finns många andra):

• echo (boolean) kontrollerar om koden inuti delen kommer att inkluderas i dokumentet
• inkludera (booleska) kontroller om utgången ska inkluderas i dokumentet
• fig.width (numerisk) anger bredden på utgångssiffrorna
• fig.höjd (numerisk) ställer in höjden på utgångssiffrorna
• fig.cap (karaktär) anger figurtexten

De är skrivna i ett enkelt tag=value format som i exemplet ovan.

Exempel på R-markdown-dokument

Nedan är ett grundläggande exempel på R-markdown-fil som illustrerar hur R-kodbitar är inbäddade i r-markdown.

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

# Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

Konvertera R-markdown till andra format

R- knitr paketet kan användas för att utvärdera R-bitar inuti R-markdown-fil och förvandla det till en vanlig markdown-fil.

Följande steg behövs för att förvandla R-markdown-fil till pdf / html:

1. Konvertera R-markdown-fil till markdown-fil med hjälp av knitr .
2. Konvertera den erhållna markdown-filen till pdf / html med specialiserade verktyg som pandoc .

Förutom ovannämnda knitr paket har omslagsfunktioner knit2html() och knit2pdf() som kan användas för att producera det slutliga dokumentet utan mellansteg för att manuellt konvertera det till nedslagningsformatet:

Om ovanstående income.Rmd sparades som income.Rmd kan den konverteras till en pdf fil med följande R-kommandon:

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

Det slutliga dokumentet kommer att likna det nedan.