R Language
Creación de informes con RMarkdown

Mesas de impresion

Hay varios paquetes que permiten la salida de estructuras de datos en forma de tablas HTML o LaTeX. En su mayoría difieren en la flexibilidad.

Aquí utilizo los paquetes:

• Knitr
• mesa
• alcahuete

Para documentos HTML

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Para documentos PDF

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

¿Cómo puedo detener xtable imprimir el comentario delante de cada tabla?

options(xtable.comment = FALSE)

Incluyendo los Comandos de Preample de LaTeX

Hay dos formas posibles de incluir los comandos del preámbulo de LaTeX (por ejemplo, \usepackage ) en un documento de RMarkdown.

1. Usando el header-includes opción YAML header-includes :

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes: 
   - \renewcommand{\familydefault}{cmss}
   - \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
   - \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Moden Font!

2. Incluyendo Comandos Externos con includes , in_header

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: includes.tex
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Modern Font!

Aquí, el contenido de includes.tex son los mismos tres comandos que incluimos con header-includes .

Escribiendo una plantilla completamente nueva.

Una posible tercera opción es escribir su propia plantilla de LaTex e incluirla en la template . Pero esto cubre mucho más de la estructura que solo el preámbulo.

---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
  pdf_document:
    template: myTemplate.tex
---

Incluyendo bibliografías

Un catálogo bibtex puede incluirse fácilmente en la bibliography: opción YAML bibliography: Un cierto estilo para la bibliografía se puede agregar con biblio-style: Las referencias se añaden al final del documento.

---
title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---

# Abstract

@R_Core_Team_2016

# References

Estructura básica del documento R-markdown

R-markdown código trozos

R-markdown es un archivo de rebajas con bloques incrustados de código R llamados fragmentos . Hay dos tipos de fragmentos de código R: en línea y en bloque .

Los fragmentos en línea se agregan usando la siguiente sintaxis:

`r 2*2`

Se evalúan e insertan su respuesta de salida en su lugar.

Los bloques de bloques tienen una sintaxis diferente:

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

Y vienen con varias opciones posibles. Aquí están los principales (pero hay muchos otros):

• Los controles de eco (booleano) se incluirán en el documento.
• incluye controles (booleanos) si la salida debe incluirse en el documento
• fig.width (numérico) establece el ancho de las cifras de salida
• fig.height (numérico) establece la altura de las cifras de salida
• fig.cap (carácter) establece las leyendas de las figuras

Se escriben en un formato simple de tag=value como en el ejemplo anterior.

Ejemplo de documento R-markdown

A continuación se muestra un ejemplo básico del archivo R-markdown que ilustra la forma en que se insertan los fragmentos de código R dentro de r-markdown.

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

# Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

Convertir R-markdown a otros formatos

El paquete R knitr se puede utilizar para evaluar los fragmentos R dentro del archivo R-markdown y convertirlo en un archivo de reducción normal.

Los siguientes pasos son necesarios para convertir el archivo R-markdown en pdf / html:

1. Convierta el archivo R-markdown en un archivo markdown usando knitr .
2. Convierta el archivo de rebaja obtenido a pdf / html usando herramientas especializadas como pandoc .

Además del paquete knitr anterior, tiene las funciones de envoltura knit2html() y knit2pdf() que se pueden usar para producir el documento final sin el paso intermedio de convertirlo manualmente al formato de rebaja:

Si el archivo de ejemplo anterior se guardó como income.Rmd se puede convertir en un archivo pdf utilizando los siguientes comandos R:

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

El documento final será similar al de abajo.