R Language
パッケージのインストール

構文

• install.packages（pkgs、lib、repos、メソッド、destdir、依存関係、...）

パラメーター

備考

リポジトリからパッケージをダウンロードしてインストールする

パッケージは、R関数、データ、およびコンパイルされたコードのコレクションで、 明確に定義された形式です 。パブリック（およびプライベート）リポジトリは、Rパッケージのコレクションをホストするために使用されます。 Rパッケージの最大のコレクションはCRANから入手できます。

CRANの使用

パッケージは、次のコードを使用してCRANからインストールできます。

install.packages("dplyr")

"dplyr"は文字ベクトルと呼ばれます。

結合関数c()を使用し、パッケージ名の一連の文字ベクトルを渡すことによって、複数のパッケージを一度にインストールできます。

install.packages(c("dplyr", "tidyr", "ggplot2"))

場合によっては、 getOption("repos")値に応じて、 install.packagesがCRANミラーのプロンプトを表示するか失敗することがあります。これを防ぐには、 repos引数としてCRANミラーを指定します。

install.packages("dplyr", repos = "https://cloud.r-project.org/") 

repos引数を使用すると、他のリポジトリからインストールすることもできます。使用可能なすべてのオプションの詳細については、 ?install.packages実行して?install.packages 。

ほとんどのパッケージは、他のパッケージ（例えば、パッケージdata.table ）に実装された関数を必要とします。このパッケージで使用されているすべてのパッケージ（または複数のパッケージ）をインストールするには、引数のdependenciesをTRUEに設定する必要があります。

install.packages("data.table", dependencies = TRUE)

Bioconductorの使用

バイオコンダクタは、バイオインフォマティクスに関連するパッケージの実質的なコレクションをホストしています。それらは、 biocLite関数を中心とした独自のパッケージ管理を提供します。

    ## Try http:// if https:// URLs are not supported
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite()

デフォルトでは、最も一般的に使用される機能を提供するパッケージのサブセットがインストールされます。特定のパッケージは、パッケージ名のベクトルを渡すことでインストールできます。たとえば、BioconductorからRImmPortをインストールするには：

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("RImmPort")

ローカルソースからパッケージをインストールする

ローカルソースファイルからパッケージをインストールするには：

install.packages(path_to_source, repos = NULL, type="source")

install.packages("~/Downloads/dplyr-master.zip", repos=NULL, type="source")

ここで、 path_to_sourceはローカルソースファイルの絶対パスです。

ダウンロードしたzipまたはtar.gzソースファイルを選択するためのウィンドウを開く別のコマンドは次のとおりです。

install.packages(file.choose(), repos=NULL)

別の方法として、 GUIベースのRStudioを使用する方法があります。

ステップ1： ツールに移動します 。

ステップ2： パッケージのインストールに進みます。

手順3： 「 パッケージアーカイブファイルとしてのインストール」 （.zip; .tar.gz）

ステップ4： Browseをクリックして、パッケージファイル（例： crayon_1.3.1.zip）を探し、 しばらくしてから（ パッケージアーカイブタブにパッケージパスとファイル名を表示した後）

ローカルソースからRパッケージをインストールする別の方法は、devtoolsパッケージのinstall_local()関数を使用することです。

library(devtools)
install_local("~/Downloads/dplyr-master.zip")

GitHubからパッケージをインストールする

パッケージをGitHubから直接インストールするには、 devtoolsパッケージを使用します：

library(devtools)
install_github("authorName/repositoryName")

githubからggplot2をインストールするには：

devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")

上記のコマンドは、 masterブランチに対応するggplot2のバージョンをインストールします。リポジトリの別のブランチからインストールするには、 ref引数を使用してブランチの名前を指定します。たとえば、次のコマンドは、 googlewayパッケージのdev_generalブランチをインストールします。

devtools::install_github("SymbolixAU/googleway", ref = "dev_general")

もう一つのオプションはghitパッケージを使うことghit 。 githubからパッケージをインストールするための軽量の代替手段を提供します：

install.packages("ghit")
ghit::install_github("google/CausalImpact")

Githubのプライベートリポジトリにあるパッケージをインストールするには、 http： //www.github.com/settings/tokens/で個人用アクセストークンを生成します （同じことについては、install_githubを参照してください ）。次の手順を実行します：

1. install.packages(c("curl", "httr"))
   

2. config = httr::config(ssl_verifypeer = FALSE)
   

3.  install.packages("RCurl")
    options(RCurlOptions = c(getOption("RCurlOptions"),ssl.verifypeer = FALSE, ssl.verifyhost = FALSE ) )
   

4. getOption("RCurlOptions")
   

   以下が表示されます。

   ssl.verifypeer ssl.verifyhost 
       
   FALSE          FALSE 
   

5. library(httr)
   set_config(config(ssl_verifypeer = 0L)) 
   

   これにより、「指定されたCA証明書でピア証明書を認証できません」という一般的なエラーが防止されます。

6. 最後に、次のコマンドを使用してパッケージをシームレスにインストールします

   install_github("username/package_name",auth_token="abc")
   

あるいは、環境変数GITHUB_PAT設定します。

Sys.setenv(GITHUB_PAT = "access_token")
devtools::install_github("organisation/package_name")

Githubで生成されたPATは、一度しか表示されません。つまり、最初に作成されたときに表示されるため、そのトークンを.Rprofileに保存するのが.Rprofileです。これは、組織にプライベートリポジトリが多数ある場合にも役立ちます。

CLIパッケージマネージャを使う - 基本的なパックマンの使い方

pacmanはRの簡単なパッケージマネージャです。

pacmanは、ユーザが単一のコマンドp_load使用して、必要なすべてのパッケージをコンパクトにロードし、欠落しているもの（およびその依存関係）をコンパクトにロードすることを可能にします。 pacmanでは、パッケージ名の前後に引用符を入力する必要はありません。基本的な使用方法は次のとおりです。

p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

このアプローチでlibrary 、 require 、またはinstall.packagesステートメントがrequireな唯一のパッケージは、 pacman自身です。

library(pacman)
p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

または、同様に有効です。

pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

pacmanは、パッケージを管理するためのコードを少なくして時間を節約するだけでなく、必要なパッケージをインストールすることで、再インストール可能なコードの構築を容易にします。

場合はわからないかもしれませんので、 pacman （独自のコードの将来の使用に自分でか）あなたのコードを使用するユーザーのライブラリーにインストールされているベストプラクティスをインストールするには、条件文含めることですpacmanそれがまだない場合読み込まれた：

if(!(require(pacman)) install.packages("pacman")
pacman::p_load(data.table, dplyr, ggplot2)

パッケージのローカル開発版をインストールする

Rパッケージの開発に取り組んでいる最中に、パッケージの最新バージョンをインストールする必要があることがよくあります。これは、まずパッケージのソース配布を構築し（コマンドライン上で）

R CMD build my_package

それをRにインストールします。以前のバージョンのパッケージがロードされている実行中のRセッションは、リロードする必要があります。

unloadNamespace("my_package")
library(my_package)

より便利なアプローチは、プロセスを単純化するためにdevtoolsパッケージを使用します。作業ディレクトリーがパッケージディレクトリーに設定されたRセッション

devtools::install()

パッケージをビルド、インストール、再ロードします。