R Language
RMarkdownを使用したレポートの作成
サーチ…
テーブルの印刷
HTMLまたはLaTeXテーブルの形式でデータ構造の出力を可能にするパッケージがいくつかあります。彼らは主に柔軟性が異なります。
ここで私はパッケージを使用します：
- ニット
- xtable
- パンダ
HTMLドキュメントの場合
---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```
# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```
# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```
# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```
PDFドキュメントの場合
---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```
# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```
# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```
# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```
xtableが各テーブルの前にコメントを印刷するのを止めるにはどうすればいいですか？
options(xtable.comment = FALSE)
LaTeXのプリサンプルコマンドを含む
LaTeXプリアンブルコマンド（ \usepackage ）をRMarkdownドキュメントに含めるには、2通りの方法があります。
1. YAMLオプションheader-includes使用header-includes ：
---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes:
- \renewcommand{\familydefault}{cmss}
- \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
- \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```
# Section 1
As you can see, this text uses the Computer Moden Font!
2.含む外部コマンドincludes 、 in_header
---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output:
pdf_document:
includes:
in_header: includes.tex
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```
# Section 1
As you can see, this text uses the Computer Modern Font!
ここでinclude.texの内容は、 header-includes含まれる3つのコマンドと同じです。
全く新しいテンプレートを書く
可能な第三の選択肢は、独自のLaTeXのテンプレートを作成し、でそれを含めることですtemplate 。しかしこれは、プリアンブルだけでなく、構造の多くをカバーしています。
---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
pdf_document:
template: myTemplate.tex
---
参考文献を含む
bibtexカタログは、YAMLオプションのbibliography:簡単に含まれていますbibliography: 。参考文献の特定のスタイルは、 biblio-style:追加することができます。参照は文書の末尾に追加されます。
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title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---
# Abstract
@R_Core_Team_2016
# References
基本的なRマークダウン文書構造
Rマークダウンコードのチャンク
R-markdownは、 チャンクと呼ばれるRコードが埋め込まれたマークダウンファイルです。 Rコードチャンクには、 インラインとブロックの 2種類があります 。
インラインチャンクは、次の構文を使用して追加されます。
`r 2*2`
彼らは評価され、出力回答をその場に挿入されます。
ブロックチャンクの構文は次のとおりです。
```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}
2*2
````
そして、いくつかの選択肢があります。ここに主要なものがあります（しかし他にもたくさんあります）：
- echo （boolean）は、チャンク内のコードがドキュメントに含まれるかどうかを制御します
- 出力は、文書に含まれるべき天気を（ブーリアン）コントロールを含みます
- fig.width （数値）は出力数値の幅を設定します
- fig.height （数値）出力数値の高さを設定します
- fig.cap （character）はFigureのキャプションを設定します。
上記の例のように、単純なtag=value形式で記述されています。
R-markdownドキュメントの例
以下は、Rコードダウンの基本的な例であり、Rコードチャンクがrマークダウン内に埋め込まれる方法を示しています。
# Title #
This is **plain markdown** text.
```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}
# Just declare variables
income <- 1000
taxes <- 125
```
My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.
Below is the sum of money I will have left:
```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}
gain <- income-taxes
gain
```
```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}
pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))
```
Rマークダウンを他のフォーマットに変換する
R knitrパッケージは、R-markdownファイル内のR塊を評価し、通常のknitrするために使用できます。
R-markdownファイルをpdf / htmlに変換するには、以下の手順が必要です。
-
knitrを使用してR-knitrファイルをknitrファイルに変換します。 - 得られたマークダウンファイルを、 pandocのような特殊なツールを使ってpdf / htmlに変換します。
上記のknitrパッケージには、ラッパー関数knit2html()とknit2pdf()があり、これを手動でknit2pdf()形式に変換する中間ステップを使わずに最終文書を生成することができます。
上記のサンプルファイルがincome.Rmdとして保存されている場合は、次のRコマンドを使用してpdfファイルに変換できます。
library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")
最終的な文書は以下のようになります。
