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हीटमैप और हीटमैप ।२

आधिकारिक दस्तावेज से उदाहरण

आँकड़े :: हीटमैप

उदाहरण 1 (मूल उपयोग)

require(graphics); require(grDevices)
x  <- as.matrix(mtcars)
rc <- rainbow(nrow(x), start = 0, end = .3)
cc <- rainbow(ncol(x), start = 0, end = .3)
hv <- heatmap(x, col = cm.colors(256), scale = "column",
              RowSideColors = rc, ColSideColors = cc, margins = c(5,10),
              xlab = "specification variables", ylab =  "Car Models",
              main = "heatmap(<Mtcars data>, ..., scale = \"column\")")

utils::str(hv) # the two re-ordering index vectors
# List of 4
#  $ rowInd: int [1:32] 31 17 16 15 5 25 29 24 7 6 ...
#  $ colInd: int [1:11] 2 9 8 11 6 5 10 7 1 4 ...
#  $ Rowv  : NULL
#  $ Colv  : NULL

उदाहरण 2 (कोई कॉलम डेंड्रोग्राम (न ही रिडरिंग) बिल्कुल नहीं)

heatmap(x, Colv = NA, col = cm.colors(256), scale = "column",
        RowSideColors = rc, margins = c(5,10),
        xlab = "specification variables", ylab =  "Car Models",
        main = "heatmap(<Mtcars data>, ..., scale = \"column\")")

उदाहरण 3 ("कुछ नहीं")

heatmap(x, Rowv = NA, Colv = NA, scale = "column",
        main = "heatmap(*, NA, NA) ~= image(t(x))")

उदाहरण 4 (रिकॉर्डर के साथ)

round(Ca <- cor(attitude), 2)
#            rating complaints privileges learning raises critical advance
# rating       1.00       0.83       0.43     0.62   0.59     0.16    0.16
# complaints   0.83       1.00       0.56     0.60   0.67     0.19    0.22
# privileges   0.43       0.56       1.00     0.49   0.45     0.15    0.34
# learning     0.62       0.60       0.49     1.00   0.64     0.12    0.53
# raises       0.59       0.67       0.45     0.64   1.00     0.38    0.57
# critical     0.16       0.19       0.15     0.12   0.38     1.00    0.28
# advance      0.16       0.22       0.34     0.53   0.57     0.28    1.00
symnum(Ca) # simple graphic
#            rt cm p l rs cr a
# rating     1                
# complaints +  1             
# privileges .  .  1          
# learning   ,  .  . 1        
# raises     .  ,  . , 1      
# critical             .  1   
# advance          . . .     1
# attr(,"legend")
# [1] 0 ‘ ’ 0.3 ‘.’ 0.6 ‘,’ 0.8 ‘+’ 0.9 ‘*’ 0.95 ‘B’ 1
heatmap(Ca,               symm = TRUE, margins = c(6,6))

उदाहरण 5 ( सं। रिकॉर्डर)

heatmap(Ca, Rowv = FALSE, symm = TRUE, margins = c(6,6))

उदाहरण 6 (ऑर्डर के बिना रंग पट्टी के साथ थोड़ा कृत्रिम)

cc <- rainbow(nrow(Ca))
heatmap(Ca, Rowv = FALSE, symm = TRUE, RowSideColors = cc, ColSideColors = cc,
    margins = c(6,6))

उदाहरण 7 (ऑर्डर के साथ रंग पट्टी के साथ थोड़ा कृत्रिम)

heatmap(Ca,        symm = TRUE, RowSideColors = cc, ColSideColors = cc,
    margins = c(6,6))

उदाहरण 8 (चर क्लस्टर के लिए, कोर के आधार पर दूरी का उपयोग करें) ()

symnum( cU <- cor(USJudgeRatings) )
#      CO I DM DI CF DE PR F O W PH R
# CONT 1                             
# INTG    1                          
# DMNR    B 1                        
# DILG    + +  1                     
# CFMG    + +  B  1                  
# DECI    + +  B  B  1               
# PREP    + +  B  B  B  1            
# FAMI    + +  B  *  *  B  1         
# ORAL    * *  B  B  *  B  B 1       
# WRIT    * +  B  *  *  B  B B 1     
# PHYS    , ,  +  +  +  +  + + + 1   
# RTEN    * *  *  *  *  B  * B B *  1
# attr(,"legend")
# [1] 0 ‘ ’ 0.3 ‘.’ 0.6 ‘,’ 0.8 ‘+’ 0.9 ‘*’ 0.95 ‘B’ 1

hU <- heatmap(cU, Rowv = FALSE, symm = TRUE, col = topo.colors(16),
             distfun = function(c) as.dist(1 - c), keep.dendro = TRUE)

## The Correlation matrix with same reordering:
round(100 * cU[hU[[1]], hU[[2]]])
#      CONT INTG DMNR PHYS DILG CFMG DECI RTEN ORAL WRIT PREP FAMI
# CONT  100  -13  -15    5    1   14    9   -3   -1   -4    1   -3
# INTG  -13  100   96   74   87   81   80   94   91   91   88   87
# DMNR  -15   96  100   79   84   81   80   94   91   89   86   84
# PHYS    5   74   79  100   81   88   87   91   89   86   85   84
# DILG    1   87   84   81  100   96   96   93   95   96   98   96
# CFMG   14   81   81   88   96  100   98   93   95   94   96   94
# DECI    9   80   80   87   96   98  100   92   95   95   96   94
# RTEN   -3   94   94   91   93   93   92  100   98   97   95   94
# ORAL   -1   91   91   89   95   95   95   98  100   99   98   98
# WRIT   -4   91   89   86   96   94   95   97   99  100   99   99
# PREP    1   88   86   85   98   96   96   95   98   99  100   99
# FAMI   -3   87   84   84   96   94   94   94   98   99   99  100

## The column dendrogram:
utils::str(hU$Colv)
# --[dendrogram w/ 2 branches and 12 members at h = 1.15]
#   |--leaf "CONT" 
#   `--[dendrogram w/ 2 branches and 11 members at h = 0.258]
#      |--[dendrogram w/ 2 branches and 2 members at h = 0.0354]
#      |  |--leaf "INTG" 
#      |  `--leaf "DMNR" 
#      `--[dendrogram w/ 2 branches and 9 members at h = 0.187]
#         |--leaf "PHYS" 
#         `--[dendrogram w/ 2 branches and 8 members at h = 0.075]
#            |--[dendrogram w/ 2 branches and 3 members at h = 0.0438]
#            |  |--leaf "DILG" 
#            |  `--[dendrogram w/ 2 branches and 2 members at h = 0.0189]
#            |     |--leaf "CFMG" 
#            |     `--leaf "DECI" 
#            `--[dendrogram w/ 2 branches and 5 members at h = 0.0584]
#               |--leaf "RTEN" 
#               `--[dendrogram w/ 2 branches and 4 members at h = 0.0187]
#                  |--[dendrogram w/ 2 branches and 2 members at h = 0.00657]
#                  |  |--leaf "ORAL" 
#                  |  `--leaf "WRIT" 
#                  `--[dendrogram w/ 2 branches and 2 members at h = 0.0101]
#                     |--leaf "PREP" 
#                     `--leaf "FAMI" 

हीटमैप में ट्यूनिंग पैरामीटर ।2

दिया हुआ:

x  <- as.matrix(mtcars)

एक का उपयोग कर सकते heatmap.2 का नवीनतम अनुकूलित संस्करण - heatmap : निम्नलिखित पुस्तकालय लोड करके,

require(gplots)
heatmap.2(x)

अपने हीटमैप में एक शीर्षक, x- या y- लेबल जोड़ने के लिए, आपको main , xlab और ylab सेट करना ylab :

heatmap.2(x, main = "My main title: Overview of car features", xlab="Car features", ylab = "Car brands")

यदि आप अपने हीटमैप के लिए अपने स्वयं के रंग पैलेट को परिभाषित करना चाहते हैं, तो आप colorRampPalette फ़ंक्शन का उपयोग करके col पैरामीटर सेट कर सकते हैं:

heatmap.2(x, trace="none", key=TRUE, Colv=FALSE,dendrogram = "row",col =  colorRampPalette(c("darkblue","white","darkred"))(100))

जैसा कि आप देख सकते हैं, y अक्ष पर लेबल (कार के नाम) आंकड़े में फिट नहीं होते हैं। इसे ठीक करने के लिए, उपयोगकर्ता margins पैरामीटर को ट्यून कर सकता है:

heatmap.2(x, trace="none", key=TRUE,col = colorRampPalette(c("darkblue","white","darkred"))(100), margins=c(5,8))

इसके अलावा, हम हमारे हीटमैप के प्रत्येक अनुभाग के आयामों (कुंजी हिस्टोग्राम, dendograms और हीटमैप ही), ट्यूनिंग द्वारा बदल सकते हैं lhei और lwid :

यदि हम केवल एक पंक्ति (या स्तंभ) डेंडोग्राम दिखाना चाहते हैं, तो हमें Colv=FALSE (या Rowv=FALSE ) सेट करने और dendogram पैरामीटर समायोजित करने की dendogram है:

heatmap.2(x, trace="none", key=TRUE, Colv=FALSE, dendrogram = "row", col = colorRampPalette(c("darkblue","white","darkred"))(100), margins=c(5,8), lwid = c(5,15), lhei = c(3,15))

कथा शीर्षक, लेबल और अक्ष, सेट करने के लिए उपयोगकर्ता की जरूरत का फ़ॉन्ट आकार बदलने के लिए cex.main, cex.lab, cex.axis में par सूची:

par(cex.main=1, cex.lab=0.7, cex.axis=0.7)
heatmap.2(x, trace="none", key=TRUE, Colv=FALSE, dendrogram = "row", col = colorRampPalette(c("darkblue","white","darkred"))(100), margins=c(5,8), lwid = c(5,15), lhei = c(5,15))