R Language
Standardisera analyser genom att skriva fristående R-skript

Introduktion

Anmärkningar

Den grundläggande strukturen för fristående R-program och hur man kallar det

Det första fristående R-skriptet

Fristående R-skript körs inte av programmet R ( R.exe under Windows), utan av ett program som heter Rscript ( Rscript.exe ), som som standard ingår i din R installation.

För att antyda detta faktum, fristående R-skript börjar med en speciell rad som heter Shebang-linje , som innehåller följande innehåll: #!/usr/bin/env Rscript . Under Windows behövs ytterligare en åtgärd, som senare avlägsnas.

Följande enkla fristående R-skript sparar ett histogram under filnamnet "hist.png" från siffror som det får som input:

#!/usr/bin/env Rscript

# User message (\n = end the line)
cat("Input numbers, separated by space:\n")
# Read user input as one string (n=1 -> Read only one line)
input <- readLines(file('stdin'), n=1)
# Split the string at each space (\\s == any space)
input <- strsplit(input, "\\s")[[1]]
# convert the obtained vector of strings to numbers
input <- as.numeric(input)

# Open the output picture file
png("hist.png",width=400, height=300)
# Draw the histogram
hist(input)
# Close the output file
dev.off()

Du kan se flera viktiga element i ett fristående R-skript. I den första raden ser du Shebang-linjen. Därefter används cat("....\n") för att skriva ut ett meddelande till användaren. Använd file("stdin") när du vill ange "Användarinmatning på konsolen" som ett dataursprung. Detta kan användas istället för ett filnamn i flera read.table ( scan , read.table , read.csv , ...). När användarinmatningen har konverterats från strängar till siffror, börjar plottningen. Där kan man se att plottkommandon som är avsedda att skrivas till en fil måste bifogas i två kommandon. Dessa är i detta fall png(.) Och dev.off() . Den första funktionen beror på önskat utdatafilformat (andra vanliga val är jpeg(.) Och pdf(.) ). Den andra funktionen, dev.off() krävs alltid. Den skriver handlingen till filen och avslutar planeringsprocessen.

Förbereder ett fristående R-skript

Linux / Mac

Det fristående skriptets fil måste först göras körbar. Detta kan hända genom att högerklicka på filen, öppna "Egenskaper" i öppningsmenyn och markera kryssrutan "Exekverbar" under fliken "Behörigheter". Alternativt kommandot

chmod +x PATH/TO/SCRIPT/SCRIPTNAME.R

kan kallas i en terminal.

Windows

För varje fristående skript måste en batchfil skrivas med följande innehåll:

"C:\Program Files\R-XXXXXXX\bin\Rscript.exe" "%~dp0\XXXXXXX.R" %*

En batchfil är en vanlig textfil, men som har en *.bat förlängning förutom en *.txt förlängning. Skapa det med en textredigerare som notepad (inte Word ) eller liknande och placera filnamnet i citattecken "FILENAME.bat" ) i spara dialogrutan. För att redigera en befintlig batchfil, högerklicka på den och välj "Redigera".

Du måste anpassa koden som visas ovan överallt där XXX... är skriven:

• Sätt i rätt mapp där din R-installation finns
• Sätt in rätt namn på ditt skript och placera det i samma katalog som denna batchfil.

Förklaring av elementen i koden: Den första delen "C:\...\Rscript.exe" berättar för Windows var Rscript.exe programmet finns. Den andra delen "%~dp0\XXX.R" berättar för Rscript att köra R-skriptet som du har skrivit och som finns i samma mapp som batchfilen ( %~dp0 står för batchfilmappen). Slutligen vidarebefordrar %* alla kommandoradsargument som du ger till batchfilen till R-skriptet.

Om du dubbelklickar på batchfilen körs R-skriptet. Om du drar filer till batchfilen ges motsvarande filnamn till R-skriptet som kommandoradsargument.

Använda littler för att köra R-skript

littler (uttalat lite r ) ( cran ) ger, förutom andra funktioner, två möjligheter att köra R-skript från kommandoraden med littlers r kommando (när man arbetar med Linux eller MacOS).

Installera lite

Från R:

install.packages("littler")

Banans r skrivs ut i terminalen, liksom

You could link to the 'r' binary installed in
'/home/*USER*/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/littler/bin/r'
from '/usr/local/bin' in order to use 'r' for scripting.

För att kunna ringa r från systemets kommandorad krävs en symlink:

ln -s /home/*USER*/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/littler/bin/r /usr/local/bin/r

Använda apt-get (Debian, Ubuntu):

sudo apt-get install littler

Använda littler med standard .r-skript

Med r från littler är det möjligt att köra fristående R-skript utan några ändringar i skriptet. Exempel manus:

# User message (\n = end the line)
cat("Input numbers, separated by space:\n")
# Read user input as one string (n=1 -> Read only one line)
input <- readLines(file('stdin'), n=1)
# Split the string at each space (\\s == any space)
input <- strsplit(input, "\\s")[[1]]
# convert the obtained vector of strings to numbers
input <- as.numeric(input)

# Open the output picture file
png("hist.png",width=400, height=300)
# Draw the histogram
hist(input)
# Close the output file
dev.off()

Observera att ingen shebang är längst upp på skriptet. När den sparas som till exempel hist.r , kan den direkt beräknas från systemkommandot:

r hist.r

Med hjälp av littler på shebanged manus

Det är också möjligt att skapa körbara R-skript med lite, med användning av shebang

#!/usr/bin/env r

längst upp i skriptet. Motsvarande R-skript måste göras körbart med chmod +X /path/to/script.r och kan direkt utrullas från systemterminalen.