R Language
Создание отчетов с помощью RMarkdown

Печать таблиц

Существует несколько пакетов, которые позволяют выводить данные в виде таблиц HTML или LaTeX. Они в основном отличаются гибкостью.

Здесь я использую пакеты:

• knitr
• xtable
• потворствовать

Для документов HTML

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Для документов в формате PDF

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

Как я могу остановить xxtable печать комментария перед каждой таблицей?

options(xtable.comment = FALSE)

Включая команды Preample LaTeX

Существует два возможных способа включения команд преамбулы LaTeX (например, \usepackage ) в документе RMarkdown.

1. Использование header-includes опции YAML header-includes :

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes: 
   - \renewcommand{\familydefault}{cmss}
   - \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
   - \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Moden Font!

2. Включение внешних команд с includes в in_header includes , in_header

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: includes.tex
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Modern Font!

Здесь содержимое include.tex - это те же три команды, которые мы включили в header-includes .

Создание нового шаблона

Возможный третий вариант - написать собственный шаблон LaTex и включить его в template . Но это охватывает гораздо больше структуры, чем только преамбулу.

---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
  pdf_document:
    template: myTemplate.tex
---

В том числе библиографии

Каталог bibtex cna легко включается в bibliography: опций YAML bibliography: Определенный стиль для библиографии можно добавить с biblio-style: Ссылки добавляются в конце документа.

---
title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---

# Abstract

@R_Core_Team_2016

# References

Основная структура документа R-markdown

Кодовые фрагменты кода R-markdown

R-markdown - это файл с разметкой со встроенными блоками R-кода, называемыми фрагментами . Существует два типа фрагментов кода R: встроенный и блок .

Встроенные фрагменты добавляются с использованием следующего синтаксиса:

`r 2*2`

Они оцениваются и вставляют свой ответ на результат.

Блок- фрагменты имеют другой синтаксис:

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

И у них есть несколько возможных вариантов. Вот основные (но есть и многие другие):

• echo (boolean) управляет тем, что код внутри блока будет включен в документ
• включают (логические) элементы управления, которые должны быть включены в документ
• fig.width (numeric) устанавливает ширину выходных данных
• fig.height (числовое значение) задает высоту выходных данных
• fig.cap (символ) устанавливает подписи к рисункам

Они написаны в простом формате tag=value , как в приведенном выше примере.

Пример документа R-markdown

Ниже приведен базовый пример файла R-markdown, иллюстрирующий, как фрагменты кода R встроены в r-уценку.

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

# Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

Преобразование R-уценки в другие форматы

Пакет R knitr можно использовать для оценки фрагментов R внутри файла R-markdown и превращения его в обычный файл разметки.

Для превращения файла R-markdown в файл pdf / html необходимы следующие шаги:

1. Преобразуйте файл R-markdown в файл уценки с помощью knitr .
2. Преобразуйте полученный файл разметки в pdf / html с помощью специализированных инструментов, таких как pandoc .

В дополнение к вышеуказанному пакету knitr есть функции-обертки knit2html() и knit2pdf() которые могут использоваться для создания окончательного документа без промежуточного шага вручную, преобразующего его в формат уценки:

Если приведенный выше примерный файл был сохранен как income.Rmd его можно преобразовать в pdf файл, используя следующие команды R:

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

Окончательный документ будет похож на тот, который приведен ниже.