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Tables d'impression

Plusieurs packages permettent la sortie de structures de données sous forme de tables HTML ou LaTeX. Ils diffèrent principalement dans la flexibilité.

Ici, j'utilise les paquets:

  • tricoter
  • xtable
  • entremetteur

Pour les documents HTML

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df), type="html")
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

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Pour les documents PDF

---
title: "Printing Tables"
author: "Martin Schmelzer"
date: "29 Juli 2016"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(xtable)
library(pander)
df <- mtcars[1:4,1:4]
```

# Print tables using `kable`
```{r, 'kable'}
kable(df)
```

# Print tables using `xtable`
```{r, 'xtable', results='asis'}
print(xtable(df, caption="My Table"))
```

# Print tables using `pander`
```{r, 'pander'}
pander(df)
```

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Comment puis-je arrêter xtable d’imprimer le commentaire avant chaque table?

options(xtable.comment = FALSE)

Incluant les commandes de préamplification LaTeX

Il existe deux manières d'inclure les commandes du préambule LaTeX (par exemple, \usepackage ) dans un document RMarkdown.

1. En utilisant l’ header-includes option YAML:

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
header-includes: 
   - \renewcommand{\familydefault}{cmss}
   - \usepackage[cm, slantedGreek]{sfmath}
   - \usepackage[T1]{fontenc}
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Moden Font!

entrer la description de l'image ici

2. Y compris les commandes externes avec includes , in_header

---
title: "Including LaTeX Preample Commands in RMarkdown"
output: 
  pdf_document:
    includes:
      in_header: includes.tex
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, external=T)
```

# Section 1

As you can see, this text uses the Computer Modern Font!

Ici, le contenu de includes.tex est le même que celui que nous avons inclus avec header-includes .

Ecrire un nouveau modèle

Une troisième option possible consiste à écrire votre propre modèle LaTex et à l'inclure avec un template . Mais cela couvre beaucoup plus la structure que le préambule.

---
title: "My Template"
author: "Martin Schmelzer"
output:
  pdf_document:
    template: myTemplate.tex
---

Y compris les bibliographies

Un catalogue de bibtex peut facilement être inclus avec l’option bibliography: YAML:. Un certain style pour la bibliographie peut être ajouté avec biblio-style: Les références sont ajoutées à la fin du document.

---
title: "Including Bibliography"
author: "John Doe"
output: pdf_document
bibliography: references.bib
---

# Abstract

@R_Core_Team_2016

# References

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Structure de document basique de R-markdown

Morceaux de code R-markdown

R-markdown est un fichier de démarquage avec des blocs de code R intégrés appelés morceaux . Il existe deux types de morceaux de code R: inline et block .

Les morceaux inline sont ajoutés à l'aide de la syntaxe suivante:

`r 2*2`

Ils sont évalués et insèrent leur réponse en sortie.

Les blocs de blocs ont une syntaxe différente:

```{r name, echo=TRUE, include=TRUE, ...}

2*2

````

Et ils viennent avec plusieurs options possibles. Voici les principaux (mais il y en a beaucoup d'autres):

  • echo (boolean) contrôle si le code contenu dans le bloc sera inclus dans le document
  • include (booléen) contrôle si la sortie doit être incluse dans le document
  • fig.width (numérique) définit la largeur des chiffres de sortie
  • fig.height (numeric) définit la hauteur des chiffres de sortie
  • fig.cap (personnage) définit les légendes des figures

Ils sont écrits dans un simple format tag=value , comme dans l'exemple ci-dessus.

Exemple de document R-markdown

Vous trouverez ci-dessous un exemple de base du fichier R-markdown illustrant la manière dont les fragments de code R sont incorporés dans le r-markdown.

# Title #

This is **plain markdown** text.

```{r code, include=FALSE, echo=FALSE}

# Just declare variables

income <- 1000
taxes  <- 125

```

My income is: `r income ` dollars and I payed `r taxes ` dollars in taxes.

Below is the sum of money I will have left:

```{r gain, include=TRUE, echo=FALSE}

gain <- income-taxes

gain

```

```{r plotOutput, include=TRUE, echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6}

pie(c(income,taxes), label=c("income", "taxes"))

```

Conversion de R-markdown en d'autres formats

Le package R knitr peut être utilisé pour évaluer les blocs R à l'intérieur du fichier R-markdown et le transformer en fichier de démarquage régulier.

Les étapes suivantes sont nécessaires pour transformer le fichier R-markdown en pdf / html:

  1. Convertir le fichier R- knitr en fichier de knitr utilisant knitr .
  2. Convertissez le fichier de démarques obtenu en pdf / html en utilisant des outils spécialisés comme pandoc .

En plus de ce qui précède knitr paquet a des fonctions d'encapsulation knit2html() et knit2pdf() qui peut être utilisé pour produire le document final sans l'étape intermédiaire consistant à convertir manuellement au format de démarquage:

Si le fichier d'exemple ci-dessus a été enregistré sous le nom de income.Rmd il peut être converti en fichier pdf à l'aide des commandes R suivantes:

library(knitr)
knit2pdf("income.Rmd", "income.pdf")

Le document final sera similaire à celui ci-dessous.

pdfexample



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