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Paramètres

Paramètre dans l'en-tête YAML Détail
toc table des matières
number_sections numéroter les sections automatiquement
bibliography chemin du fichier de bibliographie
csl chemin du fichier de style

Remarques

  • Le but de cette documentation est d'intégrer une bibliographie académique dans un fichier RMD.

  • Pour utiliser la documentation donnée ci-dessus, vous devez installer rmarkdown dans R via install.packages("rmarkdown") .

  • Parfois, Rmarkdown supprime les hyperliens des citations. La solution consiste à ajouter le code suivant à votre en-tête YAML: link-citations: true

  • La bibliographie peut avoir l'un de ces formats:

Format Extension de fichier
MODS .mods
BibLaTeX .bavoir
BibTeX .bibtex
RIS .ris
EndNote .enl
EndNote XML .xml
ISI .wos
MEDLINE .medline
Copac .copac
JSON citeproc .json

Spécifier une bibliographie et citer des auteurs

La partie la plus importante de votre fichier RMD est l'en-tête YAML. Pour rédiger un article académique, je suggère d'utiliser des sorties PDF, des sections numérotées et une table des matières (toc).

---
title: "Writing an academic paper in R"
author: "Author"
date: "Date"
output:
  pdf_document:
    number_sections: yes
toc: yes
bibliography: bibliography.bib
---

Dans cet exemple, notre fichier bibliography.bib ressemble à ceci:

@ARTICLE{Meyer2000,  
  AUTHOR="Bernd Meyer",  
  TITLE="A constraint-based framework for diagrammatic reasoning",  
  JOURNAL="Applied Artificial Intelligence",  
  VOLUME= "14",  
  ISSUE = "4",  
  PAGES= "327--344",  
  YEAR=2000  
}

Pour citer un auteur mentionné dans votre fichier .bib, écrivez @ et le bibkey, par exemple Meyer2000 .

# Introduction

`@Meyer2000` results in @Meyer2000.

`@Meyer2000 [p. 328]` results in @Meyer2000 [p. 328]

`[@Meyer2000]` results in [@Meyer2000]

`[-@Meyer2000]` results in [-@Meyer2000]

# Summary

# References

Le rendu du fichier RMD via RStudio (Ctrl + Shift + K) ou via la console rmarkdown::render("<path-to-your-RMD-file">) génère la sortie suivante:

entrer la description de l'image ici

Références en ligne

Si vous n'avez pas de fichier * .bib, vous pouvez utiliser un champ de référence dans les métadonnées YAML du document. Cela devrait inclure un tableau de références codées en YAML, par exemple:

---
title: "Writing an academic paper in R"
author: "Author"
date: "Date"
output:
  pdf_document:
    number_sections: yes
toc: yes
references:
  - id: Meyer2000
    title: A Constraint-Based Framework for Diagrammatic Reasoning
    author:
    - family: Meyer
      given: Bernd
    volume: 14
    issue: 4
    publisher: Applied Artificial Intelligence
    page: 327-344
    type: article-journal
    issued:
      year: 2000
---

# Introduction

`@Meyer2000` results in @Meyer2000.

`@Meyer2000 [p. 328]` results in @Meyer2000 [p. 328]

`[@Meyer2000]` results in [@Meyer2000]

`[-@Meyer2000]` results in [-@Meyer2000]

# Summary

# References

Le rendu de ce fichier donne le même résultat que dans l'exemple "Spécification d'une bibliographie".

Styles de citation

Par défaut, pandoc utilisera un format de date auteur Chicago pour les citations et les références. Pour utiliser un autre style, vous devrez spécifier un fichier de style CSL 1.0 dans le champ de métadonnées CSL. Dans ce qui suit, un style de citation souvent utilisé, le style le plus différent, est présenté (téléchargement sur https://github.com/citation-style-language/styles ). Le fichier de style doit être stocké dans le même répertoire que le fichier RMD OU le chemin absolu du fichier doit être soumis.

Pour utiliser un autre style que celui par défaut, le code suivant est utilisé:

---
title: "Writing an academic paper in R"
author: "Author"
date: "Date"
output:
  pdf_document:
    number_sections: yes
toc: yes
bibliography: bibliography.bib
csl: elsevier-harvard.csl
---

# Introduction

`@Meyer2000` results in @Meyer2000.

`@Meyer2000 [p. 328]` results in @Meyer2000 [p. 328]

`[@Meyer2000]` results in [@Meyer2000]

`[-@Meyer2000]` results in [-@Meyer2000]

# Summary

# Reference

entrer la description de l'image ici

Notez les différences à la sortie de l'exemple "Spécifier une bibliographie et citer des auteurs"



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