R Language
Bibliographie en RMD
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Paramètres
Paramètre dans l'en-tête YAML | Détail |
---|---|
toc | table des matières |
number_sections | numéroter les sections automatiquement |
bibliography | chemin du fichier de bibliographie |
csl | chemin du fichier de style |
Remarques
Le but de cette documentation est d'intégrer une bibliographie académique dans un fichier RMD.
Pour utiliser la documentation donnée ci-dessus, vous devez installer
rmarkdown
dans R viainstall.packages("rmarkdown")
.Parfois, Rmarkdown supprime les hyperliens des citations. La solution consiste à ajouter le code suivant à votre en-tête YAML:
link-citations: true
La bibliographie peut avoir l'un de ces formats:
Format | Extension de fichier |
---|---|
MODS | .mods |
BibLaTeX | .bavoir |
BibTeX | .bibtex |
RIS | .ris |
EndNote | .enl |
EndNote XML | .xml |
ISI | .wos |
MEDLINE | .medline |
Copac | .copac |
JSON citeproc | .json |
Spécifier une bibliographie et citer des auteurs
La partie la plus importante de votre fichier RMD est l'en-tête YAML. Pour rédiger un article académique, je suggère d'utiliser des sorties PDF, des sections numérotées et une table des matières (toc).
---
title: "Writing an academic paper in R"
author: "Author"
date: "Date"
output:
pdf_document:
number_sections: yes
toc: yes
bibliography: bibliography.bib
---
Dans cet exemple, notre fichier bibliography.bib
ressemble à ceci:
@ARTICLE{Meyer2000,
AUTHOR="Bernd Meyer",
TITLE="A constraint-based framework for diagrammatic reasoning",
JOURNAL="Applied Artificial Intelligence",
VOLUME= "14",
ISSUE = "4",
PAGES= "327--344",
YEAR=2000
}
Pour citer un auteur mentionné dans votre fichier .bib, écrivez @
et le bibkey, par exemple Meyer2000
.
# Introduction
`@Meyer2000` results in @Meyer2000.
`@Meyer2000 [p. 328]` results in @Meyer2000 [p. 328]
`[@Meyer2000]` results in [@Meyer2000]
`[-@Meyer2000]` results in [-@Meyer2000]
# Summary
# References
Le rendu du fichier RMD via RStudio (Ctrl + Shift + K) ou via la console rmarkdown::render("<path-to-your-RMD-file">)
génère la sortie suivante:
Références en ligne
Si vous n'avez pas de fichier * .bib, vous pouvez utiliser un champ de référence dans les métadonnées YAML du document. Cela devrait inclure un tableau de références codées en YAML, par exemple:
---
title: "Writing an academic paper in R"
author: "Author"
date: "Date"
output:
pdf_document:
number_sections: yes
toc: yes
references:
- id: Meyer2000
title: A Constraint-Based Framework for Diagrammatic Reasoning
author:
- family: Meyer
given: Bernd
volume: 14
issue: 4
publisher: Applied Artificial Intelligence
page: 327-344
type: article-journal
issued:
year: 2000
---
# Introduction
`@Meyer2000` results in @Meyer2000.
`@Meyer2000 [p. 328]` results in @Meyer2000 [p. 328]
`[@Meyer2000]` results in [@Meyer2000]
`[-@Meyer2000]` results in [-@Meyer2000]
# Summary
# References
Le rendu de ce fichier donne le même résultat que dans l'exemple "Spécification d'une bibliographie".
Styles de citation
Par défaut, pandoc
utilisera un format de date auteur Chicago pour les citations et les références. Pour utiliser un autre style, vous devrez spécifier un fichier de style CSL 1.0 dans le champ de métadonnées CSL. Dans ce qui suit, un style de citation souvent utilisé, le style le plus différent, est présenté (téléchargement sur https://github.com/citation-style-language/styles ). Le fichier de style doit être stocké dans le même répertoire que le fichier RMD OU le chemin absolu du fichier doit être soumis.
Pour utiliser un autre style que celui par défaut, le code suivant est utilisé:
---
title: "Writing an academic paper in R"
author: "Author"
date: "Date"
output:
pdf_document:
number_sections: yes
toc: yes
bibliography: bibliography.bib
csl: elsevier-harvard.csl
---
# Introduction
`@Meyer2000` results in @Meyer2000.
`@Meyer2000 [p. 328]` results in @Meyer2000 [p. 328]
`[@Meyer2000]` results in [@Meyer2000]
`[-@Meyer2000]` results in [-@Meyer2000]
# Summary
# Reference
Notez les différences à la sortie de l'exemple "Spécifier une bibliographie et citer des auteurs"